离职协议规定三个月后发工资是否合法，需根据具体情况来判断，以下从不同角度进行分析：
劳动合同有明确约定的情况
若合同规定合法且合理：
- 如果劳动合同中明确约定了离职后三个月发放工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定（例如，没有违反最低工资标准、工资支付周期等规定），同时是双方在平等自愿基础上协商一致确定的，那么这种情况是有一定合理性的，该约定在法律上可能是有效的。
- 但即便有这样的约定，用人单位也应严格按照约定时间准确发放工资。若逾期未发放，则仍属于拖欠工资的行为，用人单位需要承担相应的法律责任。
若合同规定违法或不合理：
- 如果劳动合同中的约定违反了法律法规的强制性规定（例如，约定了低于最低工资标准的工资，或者违反了工资支付周期的规定），或者该约定并非双方平等自愿协商一致的结果，而是用人单位单方面强加的，那么这种约定在法律上是无效的。
- 在这种情况下，用人单位应在离职时及时支付劳动者应得的工资，不得无故拖延。
劳动合同未作约定的情况
- 通常情况下，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。这是根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规的要求，用人单位有义务在劳动关系结束时立即支付劳动者的工资。
- 如果离职三个月后才发工资，这明显是不合理且违法的。劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与用人单位协商：要求用人单位及时支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
- 向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：要求用人单位支付工资及相应赔偿。
法律建议
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的部分。如果发现合同中有不合理或违法的约定，应及时与用人单位协商修改。在离职时，如果用人单位未按时支付工资，应保留好相关证据，并及时采取法律措施来维护自己的权益。
- 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的工资。如果确实需要延迟支付工资，应与劳动者协商一致，并在合同中明确约定延迟支付的原因、时间和方式等。同时，应确保延迟支付不违反法律法规的强制性规定。
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