结论：在单位自行采购的三方比价过程中，若发现有两家单位是同一个法人，这可能会引发利益冲突和公平竞争的疑虑，需要谨慎处理。以下是具体分析和建议：

1. 审查采购流程和规定：

   • 首先，应详细审查单位的采购流程和规定，特别是关于供应商选择和比价环节的具体要求。
   • 如果规定中明确禁止或限制同一法人控制的多家单位参与同一采购项目的比价，那么应立即停止与这两家单位的进一步比价，并重新选择符合规定的供应商。

2. 评估利益冲突和公平竞争：

   • 即使采购规定中没有明确禁止，同一法人控制的多家单位参与比价也可能引发利益冲突和破坏公平竞争的疑虑。
   • 在这种情况下，应评估这种参与是否可能对其他供应商造成不公平的竞争环境，以及是否可能影响采购结果的公正性。

3. 采取补救措施：

   • 如果发现存在利益冲突或破坏公平竞争的情况，应采取补救措施，如重新进行比价、排除存在利益冲突的供应商等。
   • 同时，应记录并报告这一情况，以便未来在采购流程中加以改进和避免类似问题的再次发生。

4. 加强内部控制和审计：

   • 单位应加强内部控制，确保采购流程的透明度和公正性。
   • 定期进行采购审计，检查是否存在违规行为或潜在的利益冲突。

5. 法律合规性考虑：

   • 从法律合规性的角度来看，单位应确保采购活动符合相关法律法规的要求，避免因违规操作而引发的法律风险。
   • 如果对法律合规性存在疑虑，建议咨询法律专业人士或相关监管机构以获取指导。

总结与建议：在单位自行采购的三方比价过程中，若发现有两家单位是同一个法人，应首先审查采购流程和规定，评估利益冲突和公平竞争的影响，并采取相应的补救措施。同时，加强内部控制和审计，确保采购活动的法律合规性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。