当投标人综合实力被质疑时，应依据相关法律法规，通过提出异议、澄清与说明、等待招标方或评标委员会处理，以及必要时向行政监督部门投诉等步骤来应对。以下是详细分析：

一. 了解并提出异议

1. 法律依据与操作：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》的相关规定，如果投标人认为自己的综合实力被错误地质疑，或者对招标过程中的某些事项有异议，可以在规定的时间内（如中标候选人公示期间）向招标人提出书面异议。异议应明确说明质疑的理由、依据以及具体的请求。
2. 实例说明：假设某投标人在参与某工程项目投标时，其综合实力被其他投标人质疑。该投标人可以在公示期间内向招标人提交书面异议，详细阐述自己的资质、业绩、技术实力等，以证明自身具备完成该项目的能力。

二. 澄清与说明

1. 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十二条，如果评标委员会认为投标文件中存在含义不明确的内容或明显错误，需要投标人作出澄清或说明的，投标人应以书面形式进行澄清或说明，但不得超出投标文件的范围或改变其实质性内容。
2. 操作建议：在综合实力被质疑的情况下，投标人应积极响应评标委员会的澄清要求，提供详细的证明材料、业绩案例、技术说明等，以消除评标委员会的疑虑。

三. 等待招标方或评标委员会处理

1. 招标方责任：招标人在收到异议后，应及时进行调查和核实，并在规定时间内作出答复。如果质疑确实存在问题，招标人应采取措施予以纠正。
2. 跟进处理：投标人应与招标人或招标代理机构保持密切沟通，及时了解异议处理的进展情况，并要求对方提供处理结果的书面答复。

四. 向行政监督部门投诉

1. 投诉条件：如果投标人对招标人的答复不满意，或者招标人未在规定时间内作出答复，可以向有关行政监督部门投诉。投诉时应提交明确的请求、必要的证明材料和之前异议及答复的相关文件。
2. 投诉流程：行政监督部门在收到投诉后，会依法进行调查处理，并在规定时间内作出决定。投标人应密切关注行政监督部门的处理进展和结果。

五. 注意事项

• 投标人在提出异议和澄清时，应确保理由充分、合理，并提供确凿的证据支持。
• 保持与招标人、评标委员会和行政监督部门的良好沟通至关重要。
• 投标人应密切关注处理进展和结果，以便及时采取相应措施保护自身权益。

综上所述，当投标人综合实力被质疑时，应依据相关法律法规积极应对，通过提出异议、澄清与说明、等待处理以及必要时向行政监督部门投诉等步骤来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。