实际用工地证明应由当地自然资源主管部门或乡（镇）人民政府出具。具体分析如下：

一. 用地证明的出具部门

1. 自然资源主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地的管理和监督工作由自然资源主管部门负责。因此，对于实际用工地的证明，首先可以向当地自然资源主管部门申请出具。该部门会根据土地利用总体规划、土地权属情况等因素，审核并出具相应的用地证明。
2. 乡（镇）人民政府：在农村地区，乡（镇）人民政府也负责一定的土地管理工作。特别是对于农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准。因此，如果实际用工地涉及农村村民住宅用地，也可以向乡（镇）人民政府申请出具用地证明。

二. 出具用地证明的流程

1. 提交申请：申请人需向当地自然资源主管部门或乡（镇）人民政府提交用地证明的申请，并附上相关材料，如土地权属证明、用地规划图等。
2. 审核材料：相关部门会对申请人提交的材料进行审核，确认材料的真实性和合法性。
3. 现场勘查：必要时，相关部门会组织人员到实际用工地进行现场勘查，核实土地的使用情况和规划符合性。
4. 出具证明：经审核和现场勘查后，如果符合相关规定和要求，相关部门会出具实际用工地的证明。

综上所述，实际用工地证明应由当地自然资源主管部门或乡（镇）人民政府出具。申请人需按照相关规定和流程提交申请，并附上相关材料。如有进一步需要，您可以继续咨询我。