要证明事实施工合同关系的存在，可以从多个方面进行举证和论证，以下是一份详细且有条理的解答：
一、书面合同证据
正式合同文本：
- 最直接且有力的证据是双方签署的正式施工合同。合同中应明确约定工程的范围、工期、质量标准、价款支付方式等关键条款。
- 审查合同是否具备法定要素，如双方当事人信息、标的物描述、价款或报酬、履行期限与方式、违约责任等，这些内容的完整性是合同成立的基础。
补充协议或变更文件：
- 若在合同履行过程中存在变更或补充内容，相关的补充协议或变更文件也是证明合同关系的重要证据。
二、间接证据与事实行为
招投标文件及中标通知书：
- 对于依法应当招投标的工程项目，招投标过程中的招标文件、投标文件以及中标通知书等文件，能够证明双方就工程建设达成合意的过程。
实际履行凭证：
- 工程进度报告：定期编制的工程进度报告，记录工程各个阶段的完成情况，证明施工方按约施工。
- 施工日志：每日记录的施工情况，包括施工人员、设备、内容及遇到的问题等，全面反映施工方的实际履行情况。
- 付款凭证：如银行转账记录、收款收据等，证明工程款支付情况，间接证明合同关系的存在。
- 验收记录：工程验收记录是证明工程完成并符合约定标准的重要证据。
沟通往来函件：
- 双方在工程筹备、施工、验收等环节中的会议纪要、工作联系单、电子邮件等书面沟通记录，若包含对工程细节、责任划分的确认内容，可作为辅助证据证明合同关系的实质形成。
三、法律推定与交易习惯
行业惯例与默示履行：
- 在未签订书面合同的情形下，可依据相关法律规定，通过当事人实际履行合同义务的行为推定合同成立。例如，施工方已进场施工并完成部分工程，发包方接受成果并支付相应款项，该事实行为符合建设工程领域的交易习惯，可认定双方已形成事实上的合同关系。
举证责任分配原则：
- 根据“谁主张，谁举证”的规则，主张合同关系成立的一方需承担初步举证责任。若对方否认合同存在，则需提供反证推翻现有证据链。法院将综合全案证据判断是否存在高度盖然性的合同关系。
四、其他辅助证据
工商注册资料：
- 双方的营业执照、事业法人登记证等，证明其合法经营资格和签约能力，间接支持合同关系的合法性。
施工图纸、计划：
监理记录：
- 监理单位对施工过程的记录，若记载有双方按合同履行的相关内容，可作为有力证据。
五、注意事项
证据的完整性和真实性：
- 确保证据的完整性，避免证据灭失；同时保证证据的真实性，以免被法院不予采信。
诉讼时效：
- 注意诉讼时效的限制，一般为三年。超过诉讼时效可能导致权利丧失，因此应及时行使诉权。
及时咨询律师：
- 在纠纷发生后，及时咨询专业律师以获取法律意见和指导，更好地维护自己的合法权益。
综上所述，证明事实施工合同关系需要综合运用书面合同证据、间接证据与事实行为、法律推定与交易习惯以及其他辅助证据。同时，要注意证据的完整性和真实性，遵守诉讼时效规定，并在必要时寻求专业律师的帮助。