结论前置：
详细分析：
一、一般情况下，从工资中扣除合伙人投资款是不合法的
在劳动法律关系中，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，具有法定性和强制性。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。合伙人的投资款与工资是两个不同的法律概念，前者是合伙人向合伙企业投入的资本，后者是劳动者提供劳动后应得的报酬。因此，一般情况下，用人单位（或合伙企业）无权从劳动者的工资中扣除合伙人的投资款。
二、若存在合法有效的协议或约定，且扣除行为符合协议条款，则可能被视为合法
尽管一般情况下从工资中扣除合伙人投资款是不合法的，但如果存在合法有效的协议或约定，且该协议或约定明确规定了从工资中扣除投资款的条件、方式和比例等，同时扣除行为也符合协议条款的约定，那么这种扣除行为可能被视为合法。例如，在合伙协议中，合伙人可能约定以工资形式逐步返还投资款，或者约定在特定条件下从工资中扣除一定比例作为投资款的返还。然而，这种约定必须合法、合理且明确，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
三、可能涉及的法律后果
劳动法律风险：如果合伙企业未经劳动者同意，擅自从其工资中扣除投资款，可能构成拖欠或克扣工资的行为。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权要求企业限期支付被拖欠或克扣的工资，并可以要求企业支付经济补偿。
税务风险：从税务角度来看，合伙人的投资款与工资是两个不同的税务项目。如果合伙企业错误地将投资款作为工资进行税务处理，可能导致少缴或漏缴个人所得税等税费，从而面临税务机关的追缴税款、加收滞纳金及罚款等处罚。
合伙协议违约风险：如果合伙协议对投资款的返还方式有明确约定，而合伙企业违反约定从工资中扣除投资款，可能构成违约行为。此时，其他合伙人有权要求违约方承担违约责任，并赔偿因此遭受的损失。
建议：
对于合伙企业而言，应当明确区分合伙人的投资款与劳动者的工资，避免将两者混为一谈。如果需要从工资中扣除部分款项作为投资款的返还，应当事先与劳动者签订合法有效的协议或约定，并确保扣除行为符合协议条款的约定。
对于劳动者而言，如果发现合伙企业擅自从其工资中扣除投资款，应当及时与企业沟通协商，要求企业限期支付被拖欠或克扣的工资。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请。
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