事业单位职工在停职检查期间，工资是否会被扣除需视具体情况而定，但一般情况下，若未受行政处罚或纪律处分，工资会予以补调和补发。以下是对此问题的详细分析：
一、停职检查期间工资处理的一般原则
劳动关系存续：事业单位职工在停职检查期间，其劳动关系仍然存续。根据相关法律法规，只要劳动关系未解除，员工就享有一定的工资待遇。
工资调整暂缓：根据人事部关于机关、事业单位工作人员在停职审查期间工资处理意见的通知，机关和事业单位各类工作人员在停职审查期间，遇国家规定调整工资（含调整标准、晋升工资档次和级别工资）时，其工资调整暂缓执行。
补调和补发工资：待审查结束有结论后，若职工未受到行政处罚或行政纪律处分，其工资会按照国家规定予以补调和补发。
二、停职检查期间工资处理的具体情况
无过错停职：若职工因非个人过错（如单位内部调查、政策调整等）被停职检查，且最终未受到任何行政处罚或纪律处分，那么其工资在停职期间虽可能暂缓调整，但审查结束后会予以补发。
有过错停职：若职工因违纪行为被停职检查，且最终受到行政处罚或纪律处分，那么其工资处理将依据处分种类和单位内部规章制度进行。这种情况下，工资可能会受到一定影响，如扣减部分工资或降低工资档次等。但需要注意的是，即使在这种情况下，扣除后的工资仍应不低于当地最低工资标准。
三、停职检查期间工资处理的法律依据
人事部通知：人事部关于机关、事业单位工作人员在停职审查期间工资处理意见的通知（人发〔1999〕134号）是处理此类问题的主要依据。该通知明确规定了停职审查期间工资调整暂缓执行，以及审查结束后根据结论进行补调和补发的原则。
相关法律法规：此外，《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规也保障了员工在劳动关系存续期间的工资待遇权益。这些法律法规要求用人单位在处理员工工资问题时，必须遵循合法、合理、公平的原则。
四、建议与注意事项
了解单位规章制度：事业单位职工在停职检查期间，应了解并遵守单位的规章制度。这些规章制度可能对停职期间的工资处理做出具体规定。
保留相关证据：若职工认为自己的工资待遇受到不公正处理，应保留相关证据（如停职通知、工资单、审查结论等），以便在需要时维护自己的合法权益。
及时沟通与咨询：若职工对停职检查期间的工资处理有疑问或不满，应及时与单位人事部门沟通，并咨询专业律师以获取法律帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。