达不到指标扣底薪是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或规章制度中有明确约定且合理合法：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定工资构成及支付方式，包括绩效工资的考核与扣除。若劳动合同或经过民主程序制定的规章制度中明确规定了业绩不达标时可以扣除一定比例的绩效工资，并且这种扣除是合理合法的（即扣除的额度应严格控制在劳动者当月标准工资的20%以内，且扣除后的剩余薪资水平不得低于当地政府所设定的最低工资标准），那么用人单位因劳动者业绩不达标而扣除相应绩效工资的行为，是具有法律效应的。但这里需要注意的是，扣除的应是绩效工资部分，而非底薪。底薪通常是劳动者提供正常劳动后应得的固定报酬，除非有特别约定且符合法律规定，否则不应因业绩不达标而被扣除。
若劳动合同或规章制度中无明确约定，或约定不合法：
- 如果劳动合同或规章制度中没有明确规定业绩不达标时可以扣除底薪，或者规定的扣除方式违反了法律法规（如扣除额度超过法定标准，或扣除后薪资低于最低工资标准），那么用人单位因劳动者业绩不达标而扣除底薪的行为，就是不合法的。此时，劳动者有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令用人单位支付劳动者的工资报酬，并可以责令支付赔偿金。
法律建议：
- 对于劳动者而言，应仔细阅读劳动合同和规章制度，了解自己的工资构成及支付方式，以及业绩考核的标准和后果。如果发现用人单位存在违法扣除工资的行为，应及时与用人单位沟通协商，协商无果的可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位而言，应制定合法合理的规章制度，明确业绩考核的标准和后果，并在劳动合同中与劳动者进行明确约定。同时，应确保扣除工资的额度符合法律法规的规定，避免侵犯劳动者的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违法扣除劳动者的工资，除了需要补发被扣除的工资外，还可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令支付赔偿金等。此外，如果因此导致劳动者解除劳动合同的，用人单位还可能需要支付经济补偿金。
综上所述，达不到指标扣底薪是否合法，取决于劳动合同或规章制度中的约定以及这种约定是否合法合理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。