结论：保险人行使追偿权时，若已选择基于运输合同法律关系主张权利，原则上不能再以侵权法律关系重复起诉，但存在例外情形。以下是具体分析：

1. 合同与侵权竞合的禁止重复起诉原则

根据《民法典》第186条，因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。但选择权仅限一次，一旦选定请求权基础（如运输合同），法院将围绕该法律关系审理，不得再以另一法律关系（如侵权）重复主张。

例外情形：若首次起诉时未明确放弃侵权请求权，且后续发现合同责任无法覆盖全部损失（如合同未约定精神损害赔偿，但侵权可主张），部分法院可能允许补充主张，但需以“未获充分救济”为前提，且需在同一诉讼中提出，而非另行起诉。

2. 保险人追偿权的特殊性

保险人行使追偿权时，其权利来源于被保险人对第三人的请求权（代位求偿）。若被保险人原本可选择合同或侵权起诉，保险人代位后亦受此限制：

• 若被保险人已选择合同起诉：保险人代位后只能继承合同请求权，不得再主张侵权。
• 若被保险人未起诉：保险人可自由选择合同或侵权，但需符合《保险法》第60条关于“第三人对保险标的的损害”的构成要件。

3. 实务中的操作建议

• 起诉前明确请求权基础：保险人应综合评估合同与侵权的赔偿范围、举证难度、诉讼时效等因素，选择对己方最有利的路径。
• 避免程序浪费：若已按合同起诉并获生效判决，再以侵权起诉可能被裁定“重复起诉”而驳回。
• 例外补救：若首次起诉后发现新证据或新损失（如合同未覆盖的间接损失），可尝试通过“再审”或“另行起诉侵权人（非代位）”主张，但需严格符合法定条件。

提示：保险追偿涉及合同、侵权、保险法三重法律关系，建议提前梳理证据链（如运输合同、事故认定书、保险代位通知书等），必要时可携带材料与我进一步沟通具体方案。