车主依据运输合同赔偿受害人后，在特定条件下可以向对方车追偿。具体分析如下：
一、可以追偿的情况
根据最高人民法院《关于就客运合同纠纷案件中，对无过错承运人如何适用法律有关问题的请示的答复》〔2006〕民监他字第1号的规定，若交通事故系由第三人的过错造成，承运人和旅客均无过错，且承运人已按照运输合同对旅客进行了赔偿，那么承运人（即车主）可以向造成交通事故的侵权人主张赔偿。这意味着，在这种情况下，车主有权就自己已经赔偿给乘客的部分，向交通事故的侵权责任人进行追偿。
举例说明：假设一辆客车在行驶过程中与另一辆机动车发生碰撞，导致乘客受伤。经交警认定，客车驾驶人无责任，另一辆机动车驾驶人负全责。客车所有人或管理人按照运输合同对乘客进行了赔偿后，有权向另一辆机动车的驾驶人或其保险公司进行追偿。
二、不可以追偿的情况及理由
赔偿协议未约定追偿权：如果受害人与车主签订的赔偿协议中，仅表述了车主赔偿受害人的金额，而未约定由谁向保险公司进行保险理赔或未约定追偿权，那么受害人可能仍有权直接向保险公司或侵权责任人再次索赔。在这种情况下，车主可能无法直接向对方车追偿。
交强险赔偿请求权转让无效：根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件司法解释》的相关规定，受害人可以请求法院确认交强险赔偿请求转让无效。如果受害人与车主在赔偿协议中约定了由车主向保险公司进行交强险索赔，但受害人后来主张该转让条款无效，那么车主可能无法依据该协议向对方车追偿。
三、法律建议
明确赔偿协议内容：车主在与受害人签订赔偿协议时，应明确约定追偿权的相关事项，包括由谁向保险公司进行保险理赔、车主是否有权向侵权责任人追偿等。
保留相关证据：车主在赔偿受害人后，应保留好相关证据，如赔偿协议、支付凭证、交通事故认定书等，以便在需要时向对方车或其保险公司进行追偿。
及时咨询专业律师：如果车主在追偿过程中遇到法律问题或困难，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
总结来看，车主依据运输合同赔偿受害人后，能否向对方车追偿取决于多种因素，包括赔偿协议的内容、交通事故的责任认定以及相关法律法规的规定。因此，在实际操作中，车主应谨慎处理相关事宜，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。