企业因违反廉洁协议被罚款是否合法需分情况讨论：

1. 若罚款主体为行政机关，且符合法定程序与条件，则合法
   根据《行政处罚法》及相关行业法规，行政机关有权对违反廉洁规定的企业实施行政处罚，包括罚款。但需满足以下条件：

   • 法定依据：罚款必须有明确的法律依据（如《反不正当竞争法》《招标投标法》等），且条款明确规定违反廉洁协议的处罚措施；
     
   • 程序合法：行政机关需履行立案、调查、告知、听证（如需）、决定等法定程序，确保企业陈述申辩权；
     
   • 幅度合理：罚款金额需符合法律规定的裁量基准，不得超出法定范围（如按违法所得比例或固定金额）。
     示例：某企业通过贿赂中标，监管部门依据《招标投标法》第五十三条，对其处以中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款，属于合法处罚。

2. 若罚款主体为合同相对方（如合作企业），则需严格审查协议条款与法律限制
   企业间签订的廉洁协议若约定违约方需支付“违约金”或“赔偿金”，其合法性取决于以下因素：

   • 协议效力：双方需具有完全民事行为能力，协议内容不违反法律、行政法规强制性规定（如不涉及“以罚代管”或“变相收费”）；
     
   • 损失关联性：罚款金额应与实际损失相当，不得超出违约造成的直接损失范围（参考《民法典》第五百八十四条）；
     
   • 公平性：若协议条款显失公平（如单方面设定高额罚款），可能被法院认定为无效或调整。
     示例：甲乙公司签订廉洁协议，约定乙方行贿需支付合同金额20%的违约金。若乙方实际行贿导致甲方损失仅5%，法院可能将违约金调减至5%。

3. 若罚款缺乏法律依据或程序违法，则企业可主张无效
   企业可通过行政复议或行政诉讼（针对行政处罚），或民事诉讼（针对合同罚款），主张罚款行为违法，要求撤销处罚或返还罚款。常见抗辩理由包括：

   • 行政机关未出示执法证件或未履行告知义务；
     
   • 合同罚款条款被认定为“格式条款无效”（如未提示说明）；
     
   • 罚款金额明显超出合理范围。

建议：若企业面临此类罚款，需第一时间审查处罚主体、依据及程序，必要时委托律师介入，通过法律途径维护权益。如有具体案件细节，可直接向我咨询进一步分析。