因非法转包获得的纯利润结算协议是无效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与无效性分析
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。非法转包行为直接违反了《中华人民共和国建筑法》第二十八条的禁止性规定，即禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，或以分包名义肢解后分别转包。因此，基于非法转包行为签订的纯利润结算协议自然无效。
损害公共利益：
- 非法转包可能导致工程质量无法保障，进而威胁公共安全和社会利益。这种对公共利益的潜在危害也是导致协议无效的重要因素。法院在审理此类案件时，会考虑协议是否损害了社会公共利益，从而判定其无效。
二、法律后果
合同无效：
- 一旦非法转包获得的纯利润结算协议被认定为无效，双方当事人均不能依据该协议主张权利或履行义务。这意味着，转包方不能要求支付基于非法转包的纯利润，而实际施工人也无权依据该协议要求转包方承担任何责任。
非法所得收缴：
- 根据相关法律法规，人民法院有权收缴当事人因非法转包而取得的非法所得。这不仅是对违法行为的经济制裁，也是对市场秩序的一种维护。因此，即使双方签订了纯利润结算协议，该部分非法所得也可能被法院收缴。
折价补偿与工程质量：
- 尽管转包协议无效，但如果建设工程经验收合格，实际施工人可以参照合同关于工程价款的约定请求折价补偿。然而，这并不意味着非法转包行为得到了认可，而是出于公平原则对实际施工人劳动成果的合理补偿。同时，工程质量仍然是衡量是否能否获得补偿的关键因素。如果工程质量不合格，实际施工人可能无法获得任何补偿。
三、法律建议
遵守法律法规：
- 鉴于非法转包的严重后果，建议所有参与工程建设的企业和个人严格遵守相关法律法规，避免签订或参与任何形式的非法转包协议。
及时咨询律师：
- 如果您已经涉及非法转包行为或签订了相关协议，建议及时咨询专业律师（即我本人，程亚律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域）以获取法律帮助和风险防范建议。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律意见和解决方案。
积极应对法律后果：
- 如果您的非法转包行为已经被发现或正在接受调查，建议积极配合相关部门的调查工作，并主动承担相应的法律责任。通过积极应对法律后果，您可以减少损失并降低进一步的风险。
综上所述，因非法转包获得的纯利润结算协议是无效的。为了避免法律风险和损失，建议您严格遵守相关法律法规，并在涉及法律问题时及时咨询专业律师。