针对您提出的“投标人串标后来才发现，招标人应该怎么办”的问题，这是一个涉及招标投标法规和行政处罚程序的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、立即暂停并调查
一旦发现或怀疑有投标人串标行为，招标人应立即暂停当前的招标活动，以防止串标行为对后续流程造成进一步影响。同时，招标人应组建专门的调查小组，对串标线索进行详细调查。这包括查阅投标文件、比对投标报价、询问相关人员等，以收集充分的证据。
二、报告行政监督部门
在初步调查认为存在串标可能性时，招标人应及时向建设行政主管部门、财政部门等有关行政监督部门报告，并配合其开展进一步调查。行政监督部门具有专业的调查能力和法律权限，能够更全面地收集证据，确认串标行为是否存在。
三、根据调查结果采取措施
取消投标资格与重新招标：
- 如果经调查确认存在串标行为，招标人有权取消相关投标人的投标资格，并且投标保证金不予退还。
- 同时，已确定中标人的中标无效，招标人应重新组织招标，以确保公平竞争。
行政处罚：
- 行政监督部门将依据情节轻重，依法对串标行为人作出罚款、没收违法所得、取消投标资格、吊销营业执照等行政处罚。
- 根据《中华人民共和国政府采购法》第七十七条，供应商串通投标的，将处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动，有违法所得的，并处没收违法所得，情节严重的，由工商行政管理机关吊销营业执照。
追究刑事责任：
- 对于情节严重、构成犯罪的串标行为，行政监督部门将及时移送司法机关，依法追究其刑事责任。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百二十三条，投标人相互串通投标报价，损害招标人或者其他投标人利益，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、考虑追责期限与连续状态
- 行政处罚追责期限一般是指违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追责期限延长至五年。
- 如果串标行为有连续或者继续状态，追责期限从行为终了之日起计算。这意味着，如果投标人多次实施串标行为，且这些行为之间存在连续性，那么追责期限将从最后一次串标行为终了之日起计算。
五、加强后续监管与防范
- 招标人应加强对后续招标活动的监管，防止类似串标行为再次发生。
- 同时，招标人可以考虑完善招标文件和评标标准，提高招标的透明度和公正性，减少串标行为的发生概率。
六、关于是否顶格处罚
- 是否需要顶格处罚并不以发现时间来确定，而应当根据违法情节轻重决定。行政监督部门在作出处罚决定时，会综合考虑串标行为的性质、情节、后果以及投标人的态度等因素。
综上所述，招标人在发现投标人串标行为后，应立即暂停并调查、报告行政监督部门、根据调查结果采取措施、考虑追责期限与连续状态、加强后续监管与防范，并根据违法情节轻重决定是否顶格处罚。希望这些解答能够对您有所帮助。