若投标公司确实在不知情的情况下被卷入串标行为，可按照以下步骤处理以降低法律风险并维护自身权益：

1. 立即固定“不知情”的证据链
   需第一时间收集能证明自身无主观故意的材料，例如：

   • 内部决策流程文件（如招标文件审核记录、投标报价审批表等），证明报价、技术方案等核心内容由公司独立制定；
     
   • 员工书面说明（需签字按手印），确认未与任何其他投标方接触或协商；
     
   • 通信记录（如邮件、微信聊天记录），排除与竞争对手的异常沟通；
     
   • 第三方证人证言（如招标代理机构、监理单位等），证明公司投标行为符合常规流程。
     法律依据：根据《招标投标法》第五十三条，串通投标需以“主观故意”为构成要件，客观行为与主观故意缺一不可。

2. 主动向监管部门说明情况
   在发现被牵连后，应尽快向招标人、行政监督部门（如发改委、住建局）或公安机关提交书面说明，重点强调：

   • 公司对串标行为完全不知情；
     
   • 已采取内部核查措施（如暂停相关人员职务、启动内部审计）；
     
   • 愿意配合调查并提供全部证据材料。
     风险提示：若未主动说明，可能被认定为“默许”或“放任”串标，从而承担更严重的法律责任。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼（如被处罚）
   若监管部门认定公司构成串标并作出处罚（如罚款、没收投标保证金、取消中标资格等），公司可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院起诉。
   诉讼策略：

   • 主张处罚决定“事实认定错误”（如无证据证明公司参与串标）；
     
   • 主张处罚“程序违法”（如未听取公司陈述申辩）；
     
   • 引用《行政处罚法》第三十三条，主张“无主观过错不予处罚”。

4. 内部追责与合规整改

   • 对涉事员工（如经办人、直接负责人）启动内部调查，若存在失职行为，可依据公司制度追责；
     
   • 完善投标合规流程（如增加法务审核环节、建立供应商黑名单制度），避免再次被牵连；
     
   • 对全体员工进行招标投标法培训，强化合规意识。

补充说明：

• 若公司能证明“不知情”且无过错，通常可免除行政处罚，但已签订的合同可能因“串标导致合同无效”而面临解除风险，需提前评估合同履行风险；
  
• 若其他投标方主张公司“实际参与串标”，需由对方承担举证责任，公司无需自证清白，但需积极应诉并提供反证。
  

如有具体证据材料或案件细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。