结论：纪委监委办理职务犯罪案件时，不能仅凭被调查人指认银行流水制作笔录作为定案依据，但指认内容可作为线索或证据材料之一，需结合其他证据形成完整证据链。

1. 被调查人指认银行流水的法律性质

被调查人对银行流水的指认属于当事人陈述，根据《刑事诉讼法》第五十五条，证据需经查证属实才能作为定案根据。若仅依赖被调查人单方面指认，缺乏银行流水原始凭证、交易记录等客观证据佐证，可能因证据单一性被认定为“证据不足”。
实务要点：指认内容需与其他证据（如银行交易明细、证人证言、电子数据等）相互印证，形成完整证据链。

2. 银行流水作为证据的合法性要求

纪委监委调取银行流水需遵循法定程序：

• 调取手续：需出具《调取证据通知书》，并加盖公章，银行需在通知书上签章确认；
  
• 证据形式：银行流水需为原始载体（如纸质账单）或经银行确认的电子数据，确保真实性；
  
• 权利保障：被调查人有权对银行流水提出异议，纪委监委需复核并说明理由。
  风险点：若调取程序违法（如未出具手续、篡改数据），银行流水可能被排除为非法证据。

3. 笔录制作的合规性

制作笔录需符合《监察法实施条例》第六十四条：

• 记录内容：应完整记录被调查人陈述、指认过程及证据来源，避免选择性记录；
  
• 权利告知：需告知被调查人如实陈述的义务及虚假陈述的法律后果；
  
• 签名确认：笔录需由被调查人核对后签名捺印，拒绝签名的应注明情况并由两名调查人员签字。
  实务建议：笔录中应明确标注“指认内容需结合银行流水原件核实”，避免以指认替代客观证据。

4. 证据链的构建逻辑

职务犯罪案件中，银行流水通常用于证明资金流向、利益输送等事实。证据链需满足：

• 客观性：银行流水需显示交易时间、金额、对方账户等关键信息；
  
• 关联性：需证明流水与职务行为、受贿事实等存在直接联系；
  
• 排他性：需排除其他合理解释（如个人借款、正常经济往来）。
  案例参考：若被调查人指认某笔转账为受贿款，但银行流水显示为“还款”，且无其他证据佐证，则指认可能不被采信。

总结建议

纪委监委在办理职务犯罪案件时，应严格遵循“以审判为中心”的证据标准，避免单一依赖被调查人指认。若您涉及具体案件，可进一步提供细节（如指认内容、银行流水特征等），我将结合实务经验为您分析证据效力及风险点。