纪检部门在违纪案件调查中，即使不牵扯银行流水，依然有权进行调查，但调查手段和范围会受到一定限制。具体分析如下：

1. 纪检部门的调查权限
   根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》及相关党内法规，纪检部门在调查违纪案件时，有权采取多种调查措施，包括但不限于：

   • 查阅、复制与案件相关的文件、资料、账目等；
     
   • 要求被调查人说明情况、提供证明材料；
     
   • 与相关人员谈话、询问、核实情况；
     
   • 调取、查验、鉴定涉案物品等。
     这些措施并不完全依赖于银行流水，即使案件不涉及资金往来，纪检部门仍可通过其他方式收集证据、查明事实。

2. 银行流水的特殊性
   银行流水通常用于证明资金往来、财产状况等，是调查经济类违纪行为（如贪污、受贿、挪用公款等）的重要证据。但如果案件不涉及经济问题（如违反工作纪律、组织纪律、廉洁纪律等），银行流水可能并非关键证据，纪检部门可通过其他途径（如谈话、书面材料、证人证言等）完成调查。

3. 调查手段的限制
   若案件确实需要调取银行流水（如怀疑存在隐匿财产、利益输送等），纪检部门需依法依规进行：

   • 对党员干部：可通过党内程序（如与银行党组织协调）或依据《监察法》向监察机关申请协助调取；
     
   • 对非党员公职人员：需通过监察机关依据《监察法》调取，或通过司法机关（如检察院、法院）依法查询。
     若未达到必须调取银行流水的程度，纪检部门不会强行要求提供。

4. 被调查人的配合义务
   无论案件是否涉及银行流水，被调查人均有义务配合纪检部门的调查，如实说明情况、提供相关材料。若拒绝配合或隐瞒事实，可能构成“对抗组织审查”，加重违纪情节。

总结：纪检部门的调查权限广泛，不局限于银行流水。即使案件不涉及资金问题，纪检部门仍可通过其他合法手段完成调查；若需调取银行流水，则需依法依规进行。如有具体案件或疑问，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。