国药公司作为用人单位，对于乙肝员工的处理需严格遵循《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国就业促进法》《中华人民共和国传染病防治法》以及《就业服务与就业管理规定》等法律法规，核心原则是禁止就业歧视，保障乙肝员工的平等就业权。具体处理方式需结合以下法律要点分析：
1. 禁止入职体检中的乙肝项目检测
根据《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》（人社部发〔2010〕12号），用人单位在入职体检中不得要求乙肝项目检测（乙肝五项），不得以劳动者携带乙肝表面抗原为由拒绝录用或解除劳动合同。若国药公司违反此规定，员工可向劳动监察部门投诉，要求责令改正并可能获得赔偿。
2. 日常工作中不得歧视或限制乙肝员工
乙肝病毒主要通过血液、母婴和性接触传播，日常接触（如共餐、握手）不会传播。因此，国药公司不得以“保护其他员工健康”为由，对乙肝员工进行调岗、降薪、隔离或强制休假等歧视性措施。若公司实施此类行为，员工可依据《就业促进法》第六十二条主张权利，要求停止歧视、恢复岗位并赔偿损失。
3. 特殊岗位的合法限制需符合医学标准
若乙肝员工从事的是《传染病防治法》中规定的“乙类传染病按甲类管理”的岗位（如直接接触血液、体液的医疗岗位），或岗位本身对健康有特殊要求（如食品加工、幼教），公司可要求员工提供健康证明，但需以医学机构出具的“不适合从事该岗位”的结论为依据，而非单纯以乙肝携带状态为由。此类限制需严格遵循“必要且最小侵害”原则，否则可能构成违法。
4. 员工隐私保护义务
若国药公司通过非法途径获知员工乙肝信息（如未经同意的体检），或泄露员工乙肝状况导致其名誉受损，员工可依据《民法典》第一千零三十二条主张隐私权侵权，要求停止侵害、赔礼道歉并赔偿精神损失。
5. 员工权益救济途径
若乙肝员工认为公司存在违法行为，可通过以下方式维权：
建议：国药公司应完善内部反歧视制度，对员工进行传染病防治法律培训，避免因无知导致违法。乙肝员工若遭遇不公待遇，可收集体检报告、调岗通知、同事证言等证据，及时通过法律途径维权。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。