针对您提出的“工厂违规检查员工怎么办”这一问题，虽然直接参考信息主要聚焦于“厂里违规扣罚工人”的情况，但我们可以从中提炼出处理类似违规行为的通用策略，并针对检查违规这一具体情境进行详细解答。
首先，需要明确的是，工厂对员工进行检查时，必须遵循相关法律法规和劳动合同的约定，不得侵犯员工的合法权益。如果工厂的检查行为超出了合理范围，或者违反了法律法规，员工有权采取措施维护自己的权益。
具体应对措施如下：
与工厂沟通协商：
- 员工应首先尝试与工厂管理层进行沟通，明确指出检查行为中存在的问题，如检查内容不合理、检查方式侵犯隐私等。
- 要求工厂给出合理的解释，并调整检查方式或内容，以确保其合法性和合理性。
向劳动监察部门投诉：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门有权对用人单位的劳动保障行为进行监督检查，包括检查行为的合法性和合理性。
- 劳动监察部门会依法进行调查，并责令工厂改正违规行为，必要时会给予相应处罚。
申请劳动仲裁：
- 如果工厂的检查行为给员工造成了实际损失，如精神损害、经济损失等，员工可以考虑申请劳动仲裁。
- 在申请劳动仲裁时，员工需要提交相关证据，如检查记录、沟通协商记录、损失证明等，以证明工厂的检查行为违规且造成了损失。
- 仲裁机构会根据证据和法律法规进行裁决，要求工厂承担相应的赔偿责任。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 如果员工对仲裁结果不服，或者认为仲裁过程存在不公，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，员工需要聘请律师提供法律援助，以确保自己的权益得到充分维护。
注意事项：
- 在整个过程中，员工要注意收集和保存好相关证据，如检查通知、沟通记录、损失证明等，以确保自己的诉求能得到有效支持。
- 员工应了解自己的合法权益和法律法规，以便在维护权益时能够有理有据。
- 如果可能的话，员工可以联合其他受影响的同事一起行动，以增强维权的力量和效果。
综上所述，面对工厂违规检查员工的情况，员工应通过沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以及寻求法律援助或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。