不能仅因对方单位未回复往来发函就取消债务。以下从不同角度为您详细分析：
法律层面
- 债务的确认与消灭：债务的确认通常需要双方明确的意思表示，或者基于法律规定、合同约定等。而债务的消灭也有法定方式，如清偿、抵销、提存、免除、混同等。仅仅向对方单位发函核对往来，对方未回复，这既不能视为对方对债务的确认，也不能直接导致债务的消灭。例如，在民间借贷中，即使出借人向借款人发函询问还款情况，借款人未回复，出借人的债权依然存在，借款人仍有还款义务。
- 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年（法律另有规定的，依照其规定）。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对方未回复往来发函这一行为本身，并不影响诉讼时效的计算，也不会导致债务因诉讼时效问题而自然消灭。只有在权利人超过诉讼时效期间未行使权利，且义务人提出诉讼时效抗辩的情况下，权利人才可能丧失胜诉权，但这与对方是否回复发函并无直接关联。
实际操作层面
- 进一步沟通：如果对方单位未回复往来发函，您可以尝试通过其他方式与对方取得联系，如电话沟通、当面协商等，明确债务的具体情况，包括债务金额、还款期限等。在沟通过程中，注意保留相关证据，如通话录音、协商记录等，以备后续可能出现的纠纷。
- 法律手段：若经过多次沟通，对方仍不承认债务或拒绝履行还款义务，您可以考虑通过法律途径解决。您可以向法院提起诉讼，要求对方偿还债务。在起诉时，需要提供充分的证据证明债务的存在，如借款合同、转账记录、往来函件等。法院会根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的判决。
特殊情况考虑
如果发函内容中包含了附条件的债务免除等意思表示，且该条件在对方未回复的情况下是否成就存在争议，那么需要结合具体的发函内容、双方之前的交易习惯、行业惯例等因素进行综合判断。但一般情况下，仅因对方未回复发函而主张取消债务是很难得到法律支持的。
建议：您可以先尝试与对方单位进行更深入的沟通，明确债务情况。如果沟通无果，建议您及时咨询我，通过法律手段维护自己的合法权益。在处理债务纠纷过程中，务必注意保留相关证据，以确保自己的主张能够得到法律的支持。