用人单位以员工给公司造成损失为由扣除员工工资，在一定条件下是合法的，但这一行为受到严格限制。以下是对此问题的详细分析：
合法扣除的条件
存在明确约定：
- 用人单位与员工在劳动合同中必须有明确的条款，规定因员工个人原因给单位造成损失时需承担赔偿责任，以及具体的赔偿方式和金额。
- 或者，用人单位依法制定并公示的规章制度中有类似规定，且该规章制度已经过法定程序制定并有效公示。
损失确实由员工造成：
- 用人单位必须提供充分的证据，证明经济损失是由员工本人直接导致的，如员工签字确认的失误报告、违规操作记录等。
扣除比例合规：
- 每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%。
- 扣除后剩余的工资部分不得低于当地月最低工资标准。如果低于，则应按最低工资标准支付。
法律依据
- 《工资支付暂行规定》第十六条：明确了因员工本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿，并从工资中扣除，但扣除有限制。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第九十条及《中华人民共和国劳动法》第一百零二条：规定了员工违反法律规定或劳动合同约定给用人单位造成损失时，应承担赔偿责任。
不合法情形
缺乏依据扣工资：
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者用人单位的规章制度未规定，或者规章制度未经法定程序制定并公示，那么用人单位不得以员工给公司造成损失为由随意扣工资。
超额扣除工资：
- 如果扣除的工资比例超过员工当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，这种扣工资行为是违法的。
法院判决的可能情况
- 若用人单位行为合法：法院可能会判决用人单位扣除工资的行为合法，但会审查扣除比例和剩余工资是否符合法律规定。
- 若用人单位行为不合法：法院可能会判决用人单位返还超额扣除的工资，或者要求用人单位按照最低工资标准支付剩余工资。
员工权益保护
- 如果员工认为用人单位扣工资的行为不合法，首先可以尝试与用人单位协商解决。
- 协商不成时，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结：用人单位在扣除员工工资时，必须严格遵守法律法规和劳动合同的约定，确保扣除行为的合法性。同时，员工也应了解自己的权益，当认为扣除行为不合法时，及时采取措施维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。