结论前置：因公司原因离职却被扣款，一般情况下是不正常的，属于违法行为，但在特定情形下可能存在合法扣款的情况。以下为你详细分析：

一般情况下，因公司原因离职扣款不正常且违法

根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，劳动者因公司原因离职，比如公司未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等情形而解除劳动合同的，公司不仅不能扣款，还应当按照法律规定向劳动者支付经济补偿。

经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

例如，小李在某公司工作了三年，公司因经营不善，长期拖欠小李工资，小李以此为由提出离职。在这种情况下，公司不仅不能扣小李的钱，还需要向小李支付三个月工资的经济补偿。如果公司擅自扣款，小李可以通过向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。

特定情形下可能存在合法扣款的情况

虽然因公司原因离职原则上公司不能扣款，但存在一些特殊情况。比如，劳动者在工作过程中给公司造成了实际的经济损失，且该损失是由于劳动者的故意或重大过失导致的。在这种情况下，公司可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。不过，公司扣除的款项每月不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

例如，小张是某公司的仓库管理员，由于他的严重疏忽，导致仓库内一批价值较高的货物被盗，给公司造成了重大经济损失。公司经过调查认定小张存在重大过失，在与小张协商一致的情况下，按照劳动合同的约定和法律规定，从小张每月工资中扣除一定比例的款项用于赔偿损失，但扣除后的工资仍高于当地最低工资标准，这种扣款行为就是合法的。

如果你遇到了因公司原因离职被扣款的情况，可以进一步向我说明具体的离职原因、扣款情况等信息，我会为你提供更详细的法律分析和解决方案。