已有疾病在工作时间加重，是否算工伤需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可能认定为工伤的情况
因工作原因导致病情加重：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，若职工在工作时间和工作场所内，因工作原因（如工作环境恶劣、工作压力过大等）导致已有的疾病加重，且与工作存在直接因果关系，这种情况有可能被认定为工伤。例如，长期在粉尘环境中工作的工人，原有肺部疾病因工作而加重，经相关部门认定，可视为工伤。
突发疾病死亡或在48小时内抢救无效死亡：
- 依据《工伤保险条例》第十五条，职工在工作时间和工作岗位上突发疾病，并因此死亡或在48小时内经抢救无效死亡的，无论疾病是否与工作直接相关，均视同工伤。这是对突发疾病导致严重后果的特殊认定。但需要注意的是，这一规定主要针对的是突发疾病的死亡或48小时内抢救无效死亡的情况，对于病情加重但未达到这一严重程度的，并不直接适用。
二、不被视为工伤的情况
疾病加重与工作原因无关：
- 若员工的疾病加重完全是由于个人生活习惯、遗传因素等非工作原因导致的，即使发生在工作时间和工作场所内，也不应认定为工伤。例如，员工本身患有高血压，但因未按时服药导致病情加重，这种情况通常不被视为工伤。
普通疾病加重且未导致严重后果：
- 对于普通的疾病加重，如慢性胃病、头痛等，如果并未造成严重后果（如死亡或48小时内抢救无效死亡），且加重与工作无直接关联，那么这种情况通常不被视为工伤。
三、申请工伤认定的程序及证据要求
- 申请程序：在对是否属于工伤存在争议的情况下，用人单位或劳动者有权按照法定程序向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时应提供相关的医疗证明、工作记录等材料，以支持其主张。
- 证据要求：要提供能证明工作内容、工作强度及病情加重过程的相关证据，如工作记录、病历、诊断证明等。劳动保障行政部门会综合审查这些材料，作出是否认定为工伤的决定。
四、法律建议
- 及时申请工伤认定：如果认为自己的病情加重与工作有关，且符合工伤认定的条件，建议及时向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，以免错过申请时限。
- 保留相关证据：在申请工伤认定前，应尽可能保留与工作、病情加重相关的证据，如工作记录、医疗诊断证明等，以便在申请时提供有力的支持。
- 咨询专业律师：由于工伤认定涉及复杂的法律程序和证据要求，建议在申请前咨询专业律师，以获取更准确的法律指导和帮助。
总结来说，已有疾病在工作时间加重是否算工伤，取决于多个因素的综合考量，包括病情加重的原因、与工作的关联性以及是否符合工伤认定的法定情形等。在实际操作中，建议用人单位和劳动者在面临此类问题时，首先进行充分的沟通，并咨询专业律师或当地劳动保障行政部门，以获取更准确的判断和专业的法律指导。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。