工程项目部在特定条件下有权利跳过包工头直接给农民工付工资。以下是对此问题的详细分析：
法律背景与依据
《保障农民工工资支付条例》的相关规定：
- 根据《保障农民工工资支付条例》，施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。
- 工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这意味着，在符合规定的情况下，施工总承包单位（可能包括工程项目部）可以直接支付农民工工资，而无需通过包工头。
直接支付的条件与情形：
- 当包工头未按时支付农民工工资，或存在拖欠、克扣工资等违法行为时，工程项目部作为施工总承包单位的一部分，有责任和义务确保农民工工资的支付。
- 在某些情况下，如包工头失联、拒绝支付或无力支付时，工程项目部可能需要直接介入，以保障农民工的合法权益。
实际操作与注意事项
合同与协议的重要性：
- 工程项目部在与包工头签订合同时，应明确工资支付的责任和方式。如果合同中规定了由包工头负责支付农民工工资，那么工程项目部在跳过包工头直接支付前，应仔细审查合同条款，并考虑可能的法律后果。
- 如果合同中未明确规定或规定不明确，工程项目部应根据实际情况和法律法规进行判断和决策。
直接支付的程序与要求：
- 工程项目部在决定直接支付农民工工资前，应确保已经履行了必要的程序，如通知包工头、核实农民工身份和工资数额等。
- 直接支付时，应保留相关证据，如支付凭证、农民工签字确认的工资表等，以备后续可能出现的纠纷或争议。
法律风险与防范：
- 工程项目部在跳过包工头直接支付农民工工资时，应警惕可能面临的法律风险，如包工头提起诉讼或仲裁等。
- 为防范法律风险，工程项目部应在决策前咨询专业律师或法律顾问的意见，并确保决策过程合法合规。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 如果工程项目部未经合法程序或未履行必要义务而直接支付农民工工资，可能会面临包工头的法律追责或行政处罚。
- 另一方面，如果工程项目部依法依规进行直接支付，并保留了相关证据，那么其行为将受到法律保护。
建议：
- 工程项目部在决定是否跳过包工头直接支付农民工工资时，应综合考虑法律法规、合同条款、实际情况和法律风险等因素。
- 如遇复杂情况或不确定因素，建议及时咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保决策过程合法合规并降低法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。