结论：总承包单位的项目经理部一般无权直接与建设单位签订农民工工资代付协议，通常应由总承包单位作为合同主体来签订此类协议。不过，若项目经理部获得了总承包单位的明确授权，则可以在授权范围内签订相关协议。

详细分析：

1. 合同主体资格：

   • 在法律上，合同主体应当具备相应的民事权利能力和民事行为能力。项目经理部作为总承包单位的一个内部机构或部门，通常不具备独立的法人资格，因此其本身并不具备直接签订合同的主体资格。
   • 总承包单位作为独立的法人实体，具备签订合同的主体资格，因此应当由总承包单位来签订农民工工资代付协议。

2. 授权情况：

   • 如果项目经理部获得了总承包单位的明确授权，且该授权在法律上有效（如书面授权、公司章程或内部规定允许等），则项目经理部可以在授权范围内代表总承包单位签订农民工工资代付协议。
   • 在这种情况下，项目经理部的行为将视为总承包单位的行为，其签订的协议对总承包单位具有法律约束力。

3. 实际操作建议：

   • 为了避免法律风险和纠纷，建议总承包单位在签订农民工工资代付协议时，明确由总承包单位作为合同主体，并加盖公司公章或合同专用章。
   • 如果确实需要由项目经理部代表总承包单位签订协议，则应当确保项目经理部获得了总承包单位的明确授权，并在协议中明确注明授权情况。

4. 法律后果：

   • 如果项目经理部未经授权擅自签订农民工工资代付协议，且该协议未得到总承包单位的追认，则该协议对总承包单位不具有法律约束力。此时，建设单位可能面临无法依据该协议向总承包单位主张权利的风险。
   • 如果项目经理部的行为构成表见代理（即建设单位有理由相信项目经理部有代理权），则总承包单位可能需要承担相应的法律责任。但这种情况较为复杂，需要具体分析相关事实和证据。

总结与建议：

在签订农民工工资代付协议时，应确保合同主体具备相应的资格和授权。如果项目经理部需要代表总承包单位签订协议，则应当获得总承包单位的明确授权，并在协议中明确注明。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。