结论前置：一户两宅分别登记在父亲和儿子名下且在同一确权本时，继承需根据宅基地使用权和房屋所有权的归属分情况处理，具体如下：
1. 若两处宅基地使用权均合法取得
- 宅基地使用权继承：根据《民法典》及自然资源部相关规定，宅基地使用权具有人身依附性，不能单独继承。但若继承人与被继承人（父亲）同属该集体经济组织成员，且符合“一户一宅”条件，可继承宅基地上的房屋，并因“地随房走”原则继续使用宅基地。
- 房屋所有权继承：
- 父亲名下的房屋：作为父亲遗产，由法定继承人（如配偶、子女、父母）按法定继承或遗嘱继承分配。
- 儿子名下的房屋：若儿子健在，其房屋所有权归儿子个人，不属于父亲遗产，无需继承；若儿子已故，则按其遗产处理。
2. 若存在“一户两宅”违法情形
- 违法宅基地处理：根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地。若两处宅基地均超标或未通过合法审批，可能面临以下后果：
- 违法部分宅基地使用权可能被集体收回；
- 房屋可能被限期拆除或罚款；
- 继承时，违法部分的房屋或宅基地使用权可能无法被确认。
- 继承限制：若宅基地被认定为违法，继承人可能无法通过继承取得使用权，仅能就合法部分主张权利。
3. 确权本登记的特殊性
- 同一确权本的影响：确权本仅是登记凭证，不改变宅基地使用权和房屋所有权的归属。继承时仍需以权属登记为准，结合集体经济组织意见处理。
- 权属争议解决：若对确权本登记内容有异议（如登记错误），可申请更正登记或通过行政诉讼解决。
操作建议：
- 确认权属合法性：向当地自然资源部门查询两处宅基地的审批文件，确认是否符合“一户一宅”规定。
- 办理继承公证：父亲名下房屋继承需办理继承权公证，明确继承人及份额。
- 变更登记：继承完成后，持公证书、死亡证明等材料到不动产登记中心办理房屋所有权变更登记。
- 咨询集体经济组织：部分地区对“一户两宅”继承有特殊规定，需提前与村委会或集体经济组织沟通。
提示：宅基地继承问题涉及地方政策差异，建议结合当地具体规定进一步核实。如有复杂情况，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。