事业单位辞退合同工的合法程序主要包括以下几个步骤：

1. 全面考核评估与明确辞退理由：

   • 事业单位在决定辞退合同工之前，必须进行全面的考核评估，明确辞退的具体理由和依据。这包括但不限于员工的工作表现、是否违反规章制度、是否胜任工作等情况。

2. 制作书面解除劳动合同通知书：

   • 事业单位应制作书面的解除劳动合同通知书，并明确载明用人单位解除劳动合同的事实、理由及依据。该通知书需送达给劳动者，确保劳动者知晓并理解辞退的原因。

3. 通知工会并听取意见：

   • 事业单位在解除劳动合同前，应事先将解除劳动合同的理由通知工会。工会作为维护职工合法权益的组织，有权要求用人单位纠正违法行为。用人单位应研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会，以防止企业滥用权利，保护职工合法权益。

4. 办理离职手续：

   • 事业单位在解除劳动合同时，应为劳动者办理相关的离职手续，包括但不限于社会保险的转移、档案的交接等。这些手续的办理是确保劳动者权益得到保障的重要环节。

5. 支付经济补偿金或赔偿金：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，事业单位在辞退员工时，可能需要支付经济补偿金或赔偿金。具体金额需根据员工的工龄、工资待遇等因素综合考虑。若员工因非过失性原因被辞退，如患病或非因工负伤后不能从事原工作，或不能胜任工作经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任等，用人单位应支付经济补偿金。

6. 辞退决定的争议解决：

   • 若劳动者对辞退决定不服，可向上级主管部门协调解决，或在规定时间内向当地人事争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，可在收到仲裁决定书之日起规定时间内向当地人民法院起诉。

在辞退过程中，事业单位需特别注意以下几点：

• 合法合规：整个辞退过程必须严格遵守法律法规，确保每一步都合法合规，避免侵犯劳动者的合法权益。
• 证据充分：在辞退过程中，事业单位应收集并保留充分的证据，以证明其辞退决定的合法性和合理性。这有助于在争议解决过程中维护自身的权益。
• 沟通协商：在辞退前，事业单位应与劳动者进行充分的沟通和协商，尽量达成一致意见。这有助于减少争议和纠纷的发生，维护良好的劳动关系。

若事业单位未按照上述合法程序辞退合同工，可能面临以下法律后果：

• 违法解除劳动合同的赔偿责任：若事业单位违法解除劳动合同，需向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍。
• 行政处罚：若事业单位的辞退行为违反了相关法律法规，可能面临劳动行政部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
• 声誉损害：违法辞退行为还可能对事业单位的声誉造成损害，影响其社会形象和公信力。

因此，事业单位在辞退合同工时，务必遵循合法程序，确保劳动者的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。