部门内自己组织调查是否合理，需结合具体情况与法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 调查主体与权限

• 内部调查的合法性：若部门具备法定调查权（如行政机关对内部违规行为的调查），且调查程序符合法律法规（如《行政处罚法》中关于调查取证的规定），则内部调查合理。例如，企业内部审计部门对财务违规的调查，若符合公司章程和内部规定，通常具有合法性。
• 无权调查的情形：若部门无明确法定权限（如普通企业调查员工私人生活），或调查内容超出职责范围（如非财务部门调查财务问题），则可能涉嫌越权，合理性存疑。

2. 调查程序与公正性

• 程序合规性：调查需遵循法定程序，如通知被调查人、保障陈述申辩权、证据收集合法等。若程序存在瑕疵（如未告知权利、证据来源不合法），调查结果可能被推翻。
• 公正性要求：调查人员应与被调查事项无利害关系。若部门自行组织调查且调查人员存在偏见（如直接上级调查下属违规），可能影响公正性，此时建议引入第三方或上级监督。

3. 调查目的与用途

• 合法目的：若调查旨在维护部门正常秩序（如查处贪污、违反规章制度），且结果用于合法管理（如处分、改进流程），则合理。
• 非法目的：若调查用于打击报复、侵犯隐私（如调查员工非工作时间的私人行为），则可能涉嫌违法，需承担法律责任。

4. 法律后果与风险

• 调查合法时的后果：若调查合法，部门可依据结果作出处理（如警告、解雇），但需确保处理决定与调查结果匹配，且符合劳动合同或公司规定。
• 调查违法时的风险：若调查违法（如越权、程序瑕疵），被调查人可主张调查无效，甚至要求部门承担侵权责任（如赔偿精神损失）。

5. 实务建议

• 明确权限与程序：部门在组织调查前，应确认自身法定权限，并制定书面调查程序（如通知、取证、听证等），确保合规。
• 引入第三方监督：对敏感或复杂事项，建议邀请法务、纪检或外部律师参与，增强公正性。
• 保障被调查人权利：调查过程中应告知被调查人权利（如申辩、复核），并留存书面记录。

总结：部门内自行组织调查的合理性取决于权限、程序、目的及公正性。若符合法律规定且程序正当，则合理；反之可能面临法律风险。如有具体案例或疑问，可进一步向我咨询，我将结合细节为您提供专业分析。