针对您提出的“工业用地流拍多次后可以协议拍卖吗”这一问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，工业用地作为不动产，在司法拍卖过程中若流拍多次，其后续处理方式需遵循相关法律法规及司法解释的规定。根据我所了解的信息，当工业用地流拍三次且申请执行人不接受以物抵债时，法院并非直接采取协议拍卖的方式，而是有一定的处理程序和规定。
一、流拍后的处理原则
在司法拍卖中，若工业用地流拍多次，法院会首先考虑是否可以通过再次拍卖或变卖的方式实现财产变现。这是为了实现债权债务清偿的最大化，确保申请执行人的权益得到最大程度的保障。
二、再次拍卖或变卖的条件
申请执行人重新申请：若申请执行人认为有必要再次启动拍卖或变卖程序，可以向法院提出申请。法院在审查后，若认为符合相关条件，可以行使自由裁量权决定启动再行拍卖或变卖程序。
评估报告的有效性：在再次拍卖或变卖时，若原评估报告仍在有效期内，法院可以参照原评估报告确定价格的保留价进行拍卖或变卖。若原评估报告已过期，则需要重新评估后再依法启动再行拍卖或变卖程序。
降价幅度的确定：在再次拍卖或变卖时，降价幅度需依照传统拍卖或网络拍卖相关法律和司法解释的规定重新确定。
三、协议拍卖的可行性
关于您提到的“协议拍卖”，在司法实践中，这通常不是流拍后的首选处理方式。因为协议拍卖可能缺乏公开性和透明度，难以确保所有潜在买家的公平参与。然而，在特定情况下，如双方当事人自愿达成协议，并经法院审查认为不违反法律法规和司法解释的规定时，法院可能会考虑以协议方式处置流拍财产。但这种情况较为罕见，且需严格遵循法定程序。
四、实际操作建议
与法院沟通：若您作为申请执行人或相关利益方，希望对流拍工业用地进行再次处置，建议首先与执行法院进行沟通，了解法院的具体意见和处理方式。
遵循法定程序：无论采取何种方式处置流拍财产，都需严格遵循法定程序，确保处置过程的合法性和有效性。
考虑市场变化：在再次拍卖或变卖前，建议对市场行情进行充分调研，以制定合理的拍卖或变卖策略。
综上所述，工业用地流拍多次后，并非直接采取协议拍卖的方式。而是需根据相关法律法规和司法解释的规定，结合实际情况，由法院决定是否再次启动拍卖或变卖程序。希望以上解答能对您有所帮助。