国有股权两次挂牌流拍后，确实可以考虑通过协议转让的方式进行处置，但需满足一定的条件和程序。以下是对此问题的详细分析：

一、协议转让的合法性基础

根据《企业国有产权转让管理暂行办法》及相关规定，企业国有产权转让应当在依法设立的产权交易机构中公开进行，但经公开征集只产生一个受让方或者按照有关规定经国有资产监督管理机构批准的，可以采取协议转让的方式。这意味着，在特定条件下，协议转让是合法的国有股权处置方式。

二、两次挂牌流拍后的协议转让条件

1. 公开征集无果：国有股权在产权交易机构两次挂牌后流拍，通常意味着公开征集受让方未能成功。这构成了协议转让的一个前提条件，即公开市场未能找到合适的受让方。

2. 审批与备案：协议转让国有股权需要经过国有资产监督管理机构的批准或备案。这是确保转让行为合法合规的重要环节，也是保护国有资产不受损失的重要措施。

3. 受让方资格与条件：协议转让的受让方需要满足一定的资格和条件，如具备相应的资金实力、经营能力和信誉等。这些条件旨在确保受让方能够妥善管理和运营国有股权，维护国有资产的保值增值。

三、协议转让的程序与注意事项

1. 制定转让方案：转让方需要制定详细的转让方案，包括转让标的、转让价格、付款方式、受让方条件等关键内容。

2. 内部决策与审批：转让方案需要经过转让方内部的决策程序，如董事会或股东会的审议通过，并报国有资产监督管理机构批准或备案。

3. 签订转让协议：在获得批准或备案后，转让方与受让方需要签订正式的转让协议，明确双方的权利和义务。

4. 办理产权变更登记：转让协议签订后，双方需要按照相关规定办理产权变更登记手续，确保国有股权的合法转移。

注意事项：

• 在协议转让过程中，应确保转让行为的公开、公平、公正，避免内部交易和利益输送等违法行为。
• 转让方应充分披露转让标的的相关信息，如财务状况、经营情况、法律纠纷等，以便受让方做出明智的决策。
• 受让方在受让国有股权后，应遵守相关法律法规和监管要求，确保国有资产的保值增值。

四、可能面临的法律后果

如果未经批准或备案擅自进行协议转让，或者转让过程中存在违法行为，如内部交易、利益输送等，可能会面临法律责任和监管处罚。因此，在协议转让国有股权时，务必确保合法合规，遵循相关程序和要求。

综上所述，国有股权两次挂牌流拍后，在满足一定条件和程序的前提下，可以考虑通过协议转让的方式进行处置。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。