审计条款作为付款约定的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 一般情况下的合法性

在合同中约定以审计结果作为付款依据，本身并不违法。根据《民法典》合同编的相关规定，合同双方有权自主约定合同条款，包括付款条件、方式等。因此，若双方自愿达成协议，将审计条款作为付款的前提条件，该约定具有法律效力。

举例说明：A公司与B公司签订了一份工程承包合同，约定工程完工后，以第三方审计机构出具的审计报告作为最终结算依据。若双方均认可该条款，且审计过程合法合规，则该约定有效。

2. 特殊主体与例外情形

根据新修订的《保障中小企业款项支付条例》，对于机关、事业单位和国有大型企业支付中小企业款项的情况，有特殊规定：

• 不得强制要求以审计结果作为结算依据：除非法律、行政法规另有规定，否则上述主体不得强制要求以审计机关的审计结果作为结算依据。
• 不得以审计为由拒绝或迟延支付：在合同未作约定的情况下，机关、事业单位和大型企业不得以等待竣工验收备案、决算审计等为由，拒绝或者迟延支付中小企业款项。

法律后果：若违反上述规定，机关、事业单位由其上级机关、主管部门责令改正；拒不改正的，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。国有大型企业则由其监管部门责令改正；拒不改正的，对负有责任的国有企业管理人员依法给予处分。

3. 审计条款的合理性与可操作性

即使审计条款在法律上合法，其合理性与可操作性也需考虑：

• 审计范围与标准：双方应明确审计的具体范围、标准及程序，避免因审计范围模糊或标准不一致导致争议。
• 审计时限：约定合理的审计时限，防止因审计过程过长而影响付款进度。
• 争议解决机制：在合同中约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼，以便在审计结果出现争议时及时解决。

4. 建议与风险提示

• 明确约定：在合同中详细约定审计条款，包括审计机构的选择、审计范围、标准、时限及争议解决方式等。
• 遵守法律法规：特别是涉及中小企业款项支付时，需遵守《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，避免违法违规。
• 保留证据：在合同履行过程中，保留与审计相关的所有证据，如审计报告、沟通记录等，以备不时之需。

总结：审计条款作为付款约定在一般情况下是合法的，但需注意特殊主体（如机关、事业单位和国有大型企业）在支付中小企业款项时的特殊规定。同时，双方应确保审计条款的合理性与可操作性，并遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。