单位之间签订第三方协议通常是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面
从法律层面看，单位之间签订第三方协议，只要符合相关法律规定，就是具有法律效力的。根据《中华人民共和国民法典》的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
- 行为人具有相应的民事行为能力；
- 意思表示真实；
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
若第三方协议的签订满足这些条件，那么该协议就是合法的。在劳动领域，这种协议可能涉及劳务派遣等情形，而《中华人民共和国劳动合同法》对劳务派遣也有专门规定。只要劳务派遣单位具备相应资质，并按照法律规定与劳动者、用工单位签订合同，明确各方权利义务，那么这种协议也是合法的。
二、合法性例外情况
当然，也存在一些例外情况，可能导致第三方协议无效或部分无效。例如：
- 合同存在欺诈、胁迫等情形：如果协议的签订过程中存在欺诈、胁迫等违背当事人真实意愿的情况，那么该协议可能被认定无效。
- 违反法律强制性规定：如果协议内容违反了法律的强制性规定，如排除劳动者主要权利、免除用人单位法定责任等，那么该协议也可能被认定无效或部分无效。
三、签订第三方协议时的注意事项
在签订第三方协议时，为了确保协议的合法性和有效性，您需要注意以下几点：
- 审查主体资格：确认第三方的民事行为能力和签约资格，比如查看其营业执照、相关资质证书等，确保其有能力履行合同义务。
- 明确权利义务：清晰界定各方的权利和义务，包括服务内容、工作标准、交付成果、付款方式等。例如，明确第三方应提供的具体服务，以及服务应达到的质量标准。
- 合同条款完整性：合同条款应全面、细致，涵盖违约责任、争议解决方式、保密条款等。明确违约责任，当一方违约时，另一方可依据条款要求赔偿；约定争议解决方式，如仲裁或诉讼，便于在出现纠纷时解决问题；设置保密条款，保护各方的商业秘密和敏感信息。
- 关注合同变更和解除：规定合同变更和解除的条件及程序，避免因一方随意变更或解除合同给另一方造成损失。
建议：在签订第三方协议前，务必进行充分的法律审查和风险评估。如果您对协议内容或相关法律规定存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。