结论：面对员工在收到款项后仍不撤诉的情况，您可以考虑通过沟通协商、法律途径解决以及预防措施三个方面来应对。
一、沟通协商
了解原因：
- 首先，与员工进行深入的沟通，了解其不撤诉的具体原因。可能是因为对赔偿金额不满意，或者认为还有其他权益未得到保障。
- 通过沟通，您可以更准确地把握员工的诉求，为后续解决纠纷提供方向。
尝试和解：
- 在了解原因后，您可以尝试与员工达成和解协议。例如，调整赔偿金额、提供其他形式的补偿等。
- 和解协议应当明确双方的权利义务，以及撤诉的具体时间和方式。
二、法律途径解决
准备证据：
- 如果沟通协商无果，您需要准备充分的证据来证明已经履行了赔偿义务。这包括转账记录、收据、和解协议（如有）等。
- 证据应当真实、合法、有效，能够证明您的主张。
申请法院调解或判决：
- 您可以向法院申请调解，希望法院能够介入并促成双方和解。
- 如果调解无果，您可以等待法院的判决。在判决中，法院会明确双方的权利义务，以及是否应当撤诉。
- 若法院判决员工撤诉而员工仍不执行：根据《民事诉讼法》的相关规定，您可以向法院申请强制执行。法院有权采取一系列强制措施，如查封、扣押、拍卖财产等，以迫使员工履行判决。
应对可能的法律后果：
- 如果员工坚持不撤诉，并且法院最终判决您需要承担额外的责任，您需要按照判决履行义务。
- 同时，您也可以考虑对员工提起反诉，如果员工的行为构成滥用诉权或其他违法行为。
三、预防措施
完善合同和协议：
- 在未来的劳动关系中，确保与员工签订完善的劳动合同和协议，明确双方的权利义务。
- 在合同中可以约定纠纷解决方式，如仲裁或诉讼，并明确在何种情况下员工应当撤诉。
及时履行义务：
- 在发生劳动纠纷后，及时与员工沟通并履行赔偿义务。避免因为拖延而引发更多的法律纠纷。
保留证据：
- 在整个过程中，保留好所有与纠纷相关的证据。这包括沟通记录、转账记录、和解协议等。
- 证据是维护您权益的关键，务必妥善保管。
面对员工在收到款项后仍不撤诉的情况，您应当保持冷静，通过沟通协商、法律途径解决以及预防措施三个方面来应对。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。