当借款人已支付的利息超过法律规定时，法院会根据相关法律法规进行公正裁决，主要处理原则和方式如下：
一、法律依据与判决原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六百八十条，明确禁止高利放贷，借款利率不得违反国家有关规定。
- 《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》也指出，出借人请求借款人按合同约定利率支付利息的，法院应予支持，但利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍（对于2020年8月20日后的借贷关系）或年利率36%（对于2020年8月19日前的借贷关系，超过36%部分的利息约定无效）。
法院判决原则：
- 超出法定利率上限的利息，法院不予支持。
- 借款人已支付的超出法定利率上限的利息，可以主张抵扣本金或要求出借人返还。
- 借款本金及在法律允许范围内的利息，借款人仍需按时偿还。
二、具体处理方式
已支付超法定利息的处理：
- 借款人已支付的超过法定上限的利息，应视为对借款本金的偿还或要求出借人返还。例如，若借款人按年利率25%支付了利息，而法定上限为15%，则超出部分的利息应抵扣本金或要求返还。
- 在实际案例中，如刘某向石某借款并按月息4分（年利率48%）支付利息，后经法庭核算，刘某已支付的利息数额在扣除按照法律保护利率上限标准计算的利息数额后，超付的利息已足够折抵借款本金数额，因此剩余款项不应再偿还。
借贷关系认定及利息调整：
- 在民间借贷或金融借款合同纠纷中，若借款事实清楚、证据充分，仅利息超过法定上限，法院会认定借贷关系合法有效，并对利息进行调整。
- 若出借人被认定为职业放贷人，其与借款人签订的借款合同中关于利息的约定可能无效。此时，借款人应返还借款本金，并支付资金占用期间的利息损失，一般按银行同期贷款利率或贷款市场报价利率计算。
涉及违法犯罪的处理：
- 若出借人的放贷行为涉嫌非法经营罪等刑事犯罪，法院会将案件线索移送公安机关等相关部门进行侦查处理。民事案件可能会中止审理，待刑事案件处理完毕后再恢复审理。
- 若在放贷过程中涉及高利转贷罪、非法拘禁、故意伤害等犯罪行为，借款人将面临刑事责任。同时，若借贷过程中存在欺诈、胁迫等违法行为或非法讨债造成损害，法院将判定出借人承担相应的赔偿责任。
三、建议与提醒
- 借款人在签订借款合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于利息的约定，确保利率在法律允许的范围内。
- 若发现利息超过法定上限，借款人应及时与出借人协商调整，或寻求法律援助以维护自身权益。
- 借款人应提高法律意识，避免陷入高利贷的陷阱，对高利贷借款方式要坚决拒绝。
综上所述，当利息超过法律规定时，法院将依据相关法律法规进行公正裁决，保护借款人的合法权益，维护金融市场的稳定和公平。