“补充协议不能实质性修改招标的主要条款”这一规定，意味着在公开招投标项目中，招标人与中标人通过补充协议对原合同进行修改时，不得对合同的实质性内容进行变更。以下是对这一规定的详细解释：

一、法律背景与依据

根据《招标投标法》第四十六条以及《招标投标法实施条例》第五十七条的规定，招标人和中标人应当依照招标投标法和本条例的规定签订书面合同，且合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这一规定旨在维护招投标活动的公平、公正和公开，防止通过补充协议对原合同进行实质性修改，从而损害其他投标人的利益或破坏招投标市场的秩序。

二、实质性条款的界定

实质性条款通常指的是合同中那些对双方权利义务产生重大影响的条款，如工期、价款、支付节点、结算方式等。这些条款的变更可能会改变合同的基本框架和双方的权利义务关系，因此被视为实质性变更。

三、例外情况

虽然原则上公开招投标的项目不得变更实质性内容，但也存在例外情况。根据《2015年全国民事审判工作会议纪要》第四十六条的规定，因设计变更、建设工程规划指标调整等客观原因，发包人与承包人通过补充协议等形式变更工期、工程价款等实质性内容的，不应认定为变更中标合同的实质性内容。这意味着，在特定客观原因下，双方可以通过补充协议对实质性条款进行协商调整。

四、法律建议与风险防范

1. 严格审查变更理由：在审查补充协议时，应重点关注变更的理由是否客观、合理。如果变更理由不充分或存在主观故意，可能会面临法律风险。
2. 完善支撑材料：如果业务部门提出变更实质性条款的需求，应要求其提供充分的支撑材料，如项目实施内容、市场行情较之招标时已发生重大变化等证据。
3. 谨慎签订补充协议：在签订补充协议前，应进行充分的法律风险评估，确保协议内容不违反法律法规和招投标文件的规定。
4. 关注审计风险：非工程类采用公开招标方式采购的项目如果需要变更合同实质性条款，应特别注意审计风险。审计部门可能会对变更的合理性和合规性进行审查，因此应确保变更过程透明、合规。

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