若公司审查员工拿回扣但证据不足时选择报警，可能会产生以下几种后果：

1. 公安机关不予立案：

   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在接到报案后，会进行初步审查。如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。
   • 后果分析：若公司提供的证据不足以证明员工存在拿回扣的行为，公安机关可能会以证据不足为由不予立案。此时，公司无法通过刑事途径追究员工的法律责任，但可以考虑通过内部纪律处分或民事途径解决。

2. 公安机关立案后，因证据不足无法定罪：

   • 法律依据：在刑事诉讼中，定罪需要达到“事实清楚，证据确实充分”的标准。如果证据不足，无法形成完整的证据链，法院将无法认定被告人有罪。
   • 后果分析：即使公安机关立案，如果后续调查中证据仍然不足，无法证明员工存在犯罪行为，那么在审判阶段，法院可能会判决被告人无罪。此时，员工将不会被追究刑事责任，但公司可能会因此承担一定的调查成本和时间成本。

3. 公安机关调查过程中发现其他线索：

   • 可能性分析：在公安机关调查员工拿回扣的过程中，可能会发现其他与案件相关的线索，如员工存在其他违法行为或公司内部管理存在漏洞等。
   • 后果分析：如果发现其他线索，公安机关可能会根据线索的性质和严重程度，决定是否进一步调查或移送其他相关部门处理。这可能会给公司带来额外的法律风险和管理挑战。

4. 对公司内部管理和声誉的影响：

   • 管理影响：报警行为本身可能会对公司内部管理产生一定影响，如员工士气下降、团队凝聚力减弱等。特别是如果报警后未能成功追究员工责任，可能会让员工对公司管理产生不信任感。
   • 声誉影响：报警行为也可能会对公司声誉产生一定影响。如果外界得知公司因证据不足而报警，可能会对公司形象造成负面影响，特别是如果涉及敏感行业或客户群体时。

针对以上情况，我给出以下建议：

• 在报警前充分收集证据：公司应在报警前尽可能收集充分的证据，如交易记录、聊天记录、证人证言等，以证明员工存在拿回扣的行为。这有助于提高公安机关立案和后续定罪的可能性。
• 考虑内部纪律处分：如果证据不足无法通过刑事途径解决，公司可以考虑通过内部纪律处分来处理员工行为，如警告、罚款、解雇等。这有助于维护公司内部秩序和纪律。
• 加强内部管理和监督：公司应加强内部管理和监督，建立健全的内部控制制度，防止类似行为再次发生。这有助于提高公司管理水平和风险防范能力。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。