若工程结算时注明合同条款但合同丢失，可采取以下措施来应对和解决相关问题：

1. 与合作方协商：

   • 说明情况：首先，应尽快与合同另一方（即合作方）取得联系，说明合同丢失的情况，并表达希望共同解决问题的意愿。
   • 复印并确认：请求合作方提供其留存的合同文本进行复印，并要求对方在复印件上签字盖章确认，以确保复印件的法律效力。这是最直接且有效的方式，能够迅速恢复合同的证明力。

2. 收集其他证明文件：

   • 工程进度报告：查找并整理与工程相关的进度报告，这些报告通常能反映工程的实施情况和合同履行进度。
   • 验收单：验收单是工程完工后双方确认工程质量的文件，也是证明合同履行的重要证据。
   • 付款凭证：保留所有与工程相关的付款凭证，包括银行转账记录、收据等，这些能证明双方的经济往来和合同履行情况。
   • 往来函件：查找并整理与合同相关的往来函件，如邮件、传真等，这些函件可能包含合同的关键条款或双方对合同的解释和确认。

3. 申请查阅备案合同：

   • 政府部门备案：如果合同在相关政府部门有备案，如建设工程合同通常需要在建设部门备案，那么可以前往备案部门申请查阅并复制备案合同。
   • 手续办理：虽然查阅和复制备案合同可能涉及一定的手续和费用，但这是恢复合同证明力的有效途径之一。应按照备案部门的要求，准备相关材料并办理手续。

4. 法律途径解决：

   • 举证责任：在合同纠纷中，如果因合同丢失而面临举证困难，可以根据《民事诉讼法》等相关法律规定，通过其他证据来证明合同关系和合同内容。
   • 诉讼或仲裁：如果双方无法就合同问题达成一致，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来解决纠纷。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据双方提供的证据来认定合同关系和合同内容。

在处理此类问题时，还需注意以下法律背景和建议：

• 法律背景：根据《民法典》等相关法律规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。合同丢失并不意味着合同关系的消灭，双方仍应按照合同约定的内容履行义务。
• 建议：在处理合同丢失问题时，应保持冷静和理性，积极与合作方沟通协商，并尽可能收集其他证明文件来支持自己的主张。如果无法通过协商解决问题，应及时寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。

若因合同丢失而引发纠纷，可能面临的法律后果包括：

• 举证不能：如果无法提供足够的证据来证明合同关系和合同内容，可能会面临举证不能的法律后果，即法院或仲裁机构可能无法认定双方之间的合同关系。
• 承担不利后果：在合同纠纷中，如果因自身原因导致合同丢失且无法提供足够证据，可能会承担不利后果，如赔偿对方损失等。

因此，在处理工程结算时注明合同条款但合同丢失的问题时，应积极采取补救措施，并尽可能收集其他证明文件来支持自己的主张。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。