公司被查时，员工卡是否会被冻结取决于具体的调查情况、公司政策以及相关法律法规，一般情况下不会直接冻结员工卡。以下是从不同角度进行的分析：

1. 调查性质与范围

• 行政调查或税务稽查：如果公司被行政机关（如税务局、市场监管局）进行常规检查或稽查，通常不会直接涉及员工个人权益，如冻结员工卡。这类调查主要关注公司的财务、税务或经营合规性。
• 刑事调查：若公司涉及刑事犯罪（如诈骗、洗钱等），且调查机关认为员工卡可能涉及资金流动或证据收集，可能会依法采取冻结措施。但这种情况较为特殊，且需严格遵循法律程序。

2. 公司政策与内部管理

• 公司自主管理：公司有权根据内部规定管理员工卡，如暂停使用、限制功能等。但这种管理通常基于公司规章制度，而非外部调查。例如，若公司怀疑员工存在违规行为，可能会暂时冻结其员工卡以配合调查。
• 员工权益保护：根据《劳动法》及相关规定，公司不得随意侵犯员工合法权益。若公司无正当理由冻结员工卡，可能构成违法，员工有权通过法律途径维护自身权益。

3. 法律法规依据

• 行政强制措施：根据《行政强制法》，行政机关在调查取证时，可依法采取查封、扣押、冻结等措施。但这些措施需严格遵循法定程序，且通常针对公司财产或账户，而非员工个人物品。
• 刑事诉讼程序：在刑事诉讼中，若员工卡被认定为涉案财物，公安机关可依法冻结。但需满足《刑事诉讼法》规定的条件，如证据充分、程序合法等。

4. 实际案例与建议

• 案例参考：实践中，公司被查时员工卡被冻结的情况较为罕见。多数情况下，调查机关会直接与公司沟通，而非针对员工个人。
• 建议措施：
  1. 保持沟通：若公司被查且涉及员工卡，建议员工与公司人力资源部门或法务部门保持沟通，了解具体情况。
  2. 法律咨询：若员工认为自身权益受到侵害，可及时咨询专业律师，了解维权途径。
  3. 配合调查：在合法合规的前提下，员工应配合调查机关的工作，避免因抗拒调查而引发更严重的法律后果。

总结：公司被查时，员工卡是否会被冻结需结合调查性质、公司政策及法律法规综合判断。一般情况下，员工卡不会因公司被查而直接被冻结。若遇到此类情况，建议员工保持冷静，通过合法途径维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。