核心前提：甲方已建房，乙方告知该房屋占用了其宅基地，涉及宅基地使用权争议。
结论前置：需根据宅基地权属证明、建房时间、双方协商情况等综合判断，具体处理方式如下：

1. 核实宅基地权属

   • 乙方需提供宅基地使用权证（如《集体土地使用证》或《不动产权证书》），证明其对争议地块的合法使用权。
     
   • 若乙方无权属证明，或甲方能证明自身合法取得宅基地使用权（如通过村集体分配、继承、转让等），则乙方主张可能不成立。
     

2. 确认建房时间与权属变动

   • 若甲方建房时间早于乙方取得宅基地使用权证，需核查乙方是否通过合法程序（如审批、登记）取得权属，以及甲方建房是否符合当时政策（如是否经过村集体同意）。
     
   • 若甲方建房时间晚于乙方权属登记，则甲方可能构成侵权，需承担相应责任。
     

3. 协商解决优先

   • 双方可协商调整宅基地范围（如置换土地、补偿损失），或通过村集体、乡镇政府调解，达成书面协议并办理权属变更登记。
     
   • 协商需保留证据（如录音、书面协议），避免后续纠纷。
     

4. 行政或司法途径

   • 行政途径：若协商无果，乙方可向当地自然资源部门（原国土局）申请确权，由行政部门出具权属认定意见。
     
   • 司法途径：若对行政认定不服，或双方直接选择诉讼，可向法院提起民事诉讼，要求排除妨碍（如拆除房屋）、赔偿损失，或确认权属。
     

5. 法律风险提示

   • 若甲方建房未取得建设规划许可，可能面临行政处罚（如限期拆除、罚款），即使宅基地权属无争议，也可能因违建被处理。
     
   • 若乙方主张权利超过诉讼时效（通常为3年，自知道权利被侵害之日起算），可能丧失胜诉权，但需结合具体事实判断。
     

建议行动步骤：

1. 双方先核对宅基地权属证书及建房审批文件；
   
2. 尝试通过村集体或乡镇司法所调解；
   
3. 若调解无果，及时申请行政确权或提起诉讼；
   
4. 甲方需特别注意房屋是否符合规划，避免因违建扩大损失。
   

如有进一步细节（如权属证书内容、建房时间、协商过程等），可提供具体信息以便更精准分析。