针对甲方侵占乙方土地的问题，核心处理方式如下，需结合具体情形选择适用路径：

1. 协商与调解优先
   若双方关系尚可或侵占情节较轻，建议乙方主动与甲方协商，明确要求返还土地并恢复原状。可邀请基层组织（如村委会、居委会）或第三方调解机构介入，形成书面调解协议并公证，确保后续执行力。
   法律依据：《民法典》第233条，物权受到侵害的，权利人可通过和解、调解等途径解决。

2. 行政投诉与查处
   若甲方侵占行为涉及违法占地（如未取得土地使用权证、超越批准范围使用等），乙方可向当地自然资源部门（原国土局）举报，要求行政机关立案查处，责令退还土地并处罚款。
   操作要点：需提供土地权属证明（如土地证、承包合同）、侵占现场照片/视频等证据；行政处理周期通常为60日内，可申请政府信息公开监督进度。

3. 民事诉讼主张权利
   若协商、行政途径无效，乙方可向法院提起物权保护纠纷或返还原物纠纷之诉，要求甲方停止侵害、返还土地并赔偿损失（如土地收益损失、恢复费用等）。
   关键证据：土地权属证书、侵占行为证据（如证人证言、监控录像）、损失计算依据；诉讼时效为3年，自知道权利被侵害之日起算。

4. 刑事报案（若构成犯罪）
   若甲方以非法占有为目的，通过暴力、威胁等手段强行侵占土地，且数额较大或造成严重后果，可能涉嫌非法侵入住宅罪（若侵占宅基地）或寻衅滋事罪，乙方可向公安机关报案。
   注意：刑事立案标准需结合地方规定，建议同步委托律师评估证据充分性。

风险提示：

• 土地权属争议需先通过行政确权程序解决，否则可能因主体不适格被驳回起诉；
  
• 若土地已被甲方建设房屋等附着物，返还时可能涉及补偿问题，需提前评估成本；
  
• 诉讼过程中可申请财产保全，防止甲方转移资产或进一步破坏土地。

建议行动步骤：

1. 收集土地权属证明及侵占证据；
   
2. 向甲方发送《律师函》明确权利主张（可委托我起草）；
   
3. 根据对方反应选择行政或司法途径；
   
4. 过程中注意固定证据链，避免证据灭失。
   

如需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可直接向我提供土地性质、侵占方式等细节。