建设工程施工合同纠纷达成调解协议后，因调解协议发生纠纷，一般不适用专属管辖，而是根据具体情况确定管辖法院。以下从不同角度进行分析：

一、调解协议纠纷的性质

调解协议是双方当事人在诉讼外或诉讼中，就争议事项自愿达成的解决纠纷的协议。当因调解协议发生纠纷时，这实际上是对调解协议内容或履行产生的争议，而非直接对原建设工程施工合同内容的争议。因此，其管辖原则可能与原建设工程施工合同纠纷的管辖原则有所不同。

二、专属管辖的适用范围

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，专属管辖主要适用于因不动产纠纷提起的诉讼，包括建设工程施工合同纠纷中涉及不动产的部分（如工程质量、工程款支付等与不动产位置、状态密切相关的纠纷）。然而，当纠纷焦点转向调解协议时，专属管辖的适用性就可能受到质疑。

三、调解协议纠纷的管辖原则

1. 协议管辖优先：

   • 如果双方当事人在调解协议中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。

2. 一般地域管辖原则：

   • 如果调解协议中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院违反了法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么应当按照合同纠纷的一般地域管辖原则来确定管辖法院。即，以施工行为地为合同履行地，由施工行为地或者被告所在地人民法院管辖。这是因为调解协议虽然是对原合同纠纷的解决，但其本质仍是一种合同关系，因此可以适用合同纠纷的一般地域管辖原则。

四、实际案例与司法实践

在实际司法实践中，对于因调解协议发生纠纷的建设工程施工合同案件，法院通常会根据调解协议的具体内容、双方当事人的约定以及相关法律法规的规定，来综合判断应当适用哪种管辖原则。如果调解协议中明确约定了管辖法院，且该约定合法有效，那么法院会尊重双方当事人的意思自治，按照约定确定管辖法院。如果调解协议中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院无效，那么法院会按照合同纠纷的一般地域管辖原则来确定管辖法院。

建议：在签订建设工程施工合同时，双方当事人可以就管辖问题作出明确约定，以减少未来可能发生的管辖争议。同时，在达成调解协议时，也可以考虑在协议中明确约定管辖法院，以确保在发生纠纷时能够迅速、有效地解决。

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