关于您提出的“合同约定离职需提前两个月申请是否合法”的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规来进行详细分析。
首先，从《中华人民共和国劳动合同法》的角度来看，第三十七条明确规定了劳动者提前解除劳动合同的常规做法：劳动者需提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期内，则只需提前三日通知。这是法律为保障劳动者和用人单位双方权益而设定的最低预告期限。
接下来，我们分两种情况来讨论合同中约定的离职提前两个月申请是否合法：
劳动者主动离职的情况：
- 如果劳动合同中明确约定了离职需提前两个月通知，且这一约定不违反法律法规的强制性规定（比如没有剥夺劳动者的基本权益或设置不合理的条件），那么该约定是有效的，劳动者应当遵守。
- 但需要注意的是，这种特别约定通常是在双方平等、自愿的基础上达成的，且应明确写入劳动合同中。如果劳动合同中没有此类约定，或者约定违反了法律法规，那么劳动者只需按照法律规定的最低预告期限（即提前三十日）来执行。
用人单位要求劳动者离职的情况：
- 如果用人单位与劳动者协商一致，并约定离职时间为提前两个月，那么这种情况是合法有效的。
- 然而，如果用人单位无正当理由且未经劳动者同意，单方面要求劳动者提前两个月离职，这通常是不合法的。因为这可能侵犯了劳动者的合法权益，如工作稳定性和经济利益等。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付经济补偿或赔偿金。
此外，还有一些特殊情况需要注意：
- 在用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等法定过错情形下，劳动者有权立即解除劳动合同，无需提前通知。
- 无论是劳动者还是用人单位，在离职过程中都应保留好相关证据（如辞职信、邮件记录、工作交接单等），以备不时之需。
综上所述，合同约定离职需提前两个月申请是否合法，需根据具体情况和相关法律法规来判断。如果劳动合同中有明确且合法的约定，那么劳动者应当遵守；如果没有约定或约定违法，那么劳动者只需按照法律规定的最低预告期限来执行。在实际操作中，建议劳动者和用人单位都遵循法律规定，积极沟通协商，并确保离职手续的顺利办理。