针对您提出的“面积超出3%如何处理，但补充协议说可以超过百分之三”的问题，我们可以从合同约定和法律规定两个层面来详细解答。

首先，从合同约定的角度来看，您和对方已经通过补充协议明确了面积可以超过3%的情况。这意味着，在合同执行过程中，如果实际面积超出了合同约定的面积，但并未超出补充协议所允许的百分比范围（即超过3%但双方有特别约定的情况），那么双方应当按照补充协议的约定来处理。这可能包括但不限于：由哪一方承担差价、如何调整房价款、房屋所有权的归属等具体问题。因此，您需要仔细查阅补充协议的具体条款，以明确双方的权利和义务。

其次，如果补充协议并未对超出3%部分的具体处理方式作出详细约定，或者您希望了解在没有特别约定的情况下法律是如何规定的，那么我们可以参考相关法律规定。根据一般法律原则，对于面积误差比的处理通常如下：

1. 面积误差比绝对值在3%以内（含3%）：这部分的房价款通常由买受人按照约定的价格补足，房屋所有权归买受人。

2. 面积误差比绝对值超出3%：

   • 如果房屋实际面积大于合同约定面积，超出3%部分的房价款一般由出卖人承担，所有权归买受人。但如果您和对方在补充协议中有特别约定，则应按照约定执行。
   • 如果房屋实际面积小于合同约定面积，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款及利息由出卖人返还买受人；面积误差比超过3%部分的房价款，出卖人可能需要双倍返还给买受人（具体根据法律规定和合同约定）。

综合建议：

• 您应首先查阅并理解补充协议的具体条款，特别是关于面积超出3%时的处理方式。
• 如果补充协议有明确约定，则按照约定执行。
• 如果补充协议未作明确约定，或您希望了解法律的一般规定，则应参考相关法律规定，并结合实际情况与对方协商解决。
• 在处理过程中，建议保留好相关证据，如合同、补充协议、测量报告等，以便在需要时维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。