实际施工人起诉发包方，在发包方和挂靠的建筑公司有仲裁约定的情况下，案件通常应由仲裁机构管辖，而非法院。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款的独立性及效力
仲裁条款具有独立性，其效力不受主合同效力的影响。在建设工程施工合同中，如果发包方和挂靠的建筑公司（即承包方）之间约定了仲裁条款，那么该条款对双方均具有约束力。这意味着，当双方因工程款等问题产生争议时，应提交给约定的仲裁机构进行仲裁，而非向法院提起诉讼。
二、实际施工人的诉讼地位及管辖问题
实际施工人起诉合同相对方：
- 如果实际施工人仅起诉与其有合同关系的转包人或违法分包人，那么实际施工人仅受其与转包人或违法分包人之间管辖条款的约束。此时，如果实际施工人与转包人或违法分包人之间约定了法院管辖，则案件应由法院管辖；如果未约定管辖，则可能适用一般地域管辖或专属管辖规则。但在此情况下，发包方与承包方之间的仲裁约定对实际施工人无直接约束力。
实际施工人起诉发包方：
- 当实际施工人以发包方为被告提起诉讼时，情况则更为复杂。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条的规定，实际施工人可以以发包方为被告主张权利，但发包方仅在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。
- 关键点在于：实际施工人向发包方主张权利时，必然涉及到对发包方与承包方之间建设工程施工合同的实质性审查。如果发包方与承包方之间约定了仲裁条款，那么案件由法院管辖就会破坏双方的意思自治，因为法院的审理将不可避免地涉及到对仲裁条款所覆盖的争议事项的审查。
- 司法实践中的倾向：在多数情况下，法院会认为实际施工人向发包方主张权利时，应受到发包方与承包方之间仲裁条款的约束。这是因为实际施工人的权利源于发包方与承包方之间的合同关系，而该合同关系已经通过仲裁条款排除了法院的管辖权。
三、特殊情况及例外
- 实际施工人与承包人另有约定：如果实际施工人与承包人之间另有关于管辖的约定（如法院管辖），并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在实际施工人仅起诉承包人的情况下，可能按照双方约定确定管辖。但在实际施工人同时起诉发包方和承包人的情况下，发包方与承包人之间的仲裁约定仍可能对案件管辖产生决定性影响。
- 法律规定的例外情形：虽然《建工司法解释（一）》第四十三条赋予了实际施工人向发包方主张权利的例外救济方式，但这并不意味着可以完全忽视发包方与承包方之间的仲裁约定。在具体案件中，法院会根据双方约定、法律规定以及案件实际情况进行综合判断。
四、建议及风险提示
- 对于实际施工人：在提起诉讼前，应仔细审查发包方与承包方之间的合同条款，特别是关于争议解决的约定。如果存在仲裁条款，应考虑通过仲裁方式解决争议，或者与发包方、承包方协商变更争议解决方式。
- 对于发包方和承包方：在签订建设工程施工合同时，应明确约定争议解决方式，并确保该约定符合法律法规的规定。同时，在合同履行过程中，应妥善保管相关证据，以便在争议发生时能够维护自己的合法权益。
结论：在实际施工人起诉发包方，且发包方和挂靠的建筑公司有仲裁约定的情况下，案件通常应由仲裁机构管辖。实际施工人在提起诉讼前应仔细审查相关合同条款，并考虑通过仲裁方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。