针对您提出的“工程合同盖假公章怎么处理”这一问题，我会结合相关法律知识和实践操作，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。
首先，当发现工程合同上盖的是假公章时，这通常意味着合同可能存在效力问题或者涉及欺诈行为。针对这种情况，您可以按照以下步骤进行处理：
一、判断合同效力及对方行为性质
若对方构成无权代理：
- 如果加盖假公章的一方（如小李在案例中）实际上没有代表公司签订合同的权力，即构成无权代理，而您作为善意相对人（如小朱），有权要求对方履行合同或承担赔偿责任。这是因为，在无权代理的情况下，善意相对人有理由相信对方有代理权，从而与其签订合同。
若对方行为涉嫌诈骗等犯罪：
- 如果加盖假公章的行为涉嫌诈骗或其他犯罪活动，您应立即向公安机关报案，依法追究对方的刑事责任。诈骗等犯罪行为不仅损害了您的经济利益，还破坏了市场秩序，必须予以严厉打击。
二、采取法律措施维护自身权益
请求确认合同无效：
- 您可以向法院或仲裁机构请求确认合同无效。一旦合同被确认无效，对方应返还因该合同取得的财产，并赔偿您由此所受到的损失。如果双方都有过错，则应根据各自的过错程度承担相应的责任。
留存证据并寻求法律援助：
- 在处理此类纠纷时，务必留存好所有相关证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等。这些证据将有助于您证明自己的权益和对方的过错。同时，您可以咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。
三、预防措施与建议
仔细审查印章真实性：
- 在签订合同时，务必仔细审查对方印章的真实性。可以通过查询公司公章备案信息、要求对方提供公章使用授权书等方式进行核实。
完善合同条款：
- 在合同中明确约定印章使用的相关条款，如印章的种类、使用范围、审批程序等。这有助于在发生纠纷时，明确双方的责任和义务。
加强风险意识：
- 在签订合同前，应对对方进行充分的尽职调查，了解其信誉状况、经营能力等。同时，保持警惕，避免陷入欺诈陷阱。
综上所述，当发现工程合同上盖的是假公章时，您应首先判断合同效力及对方行为性质，然后采取相应的法律措施维护自身权益。同时，加强预防措施和建议的落实，以降低类似风险的发生。希望这些建议能对您有所帮助。