业主单位在发现施工合同中施工单位公章为假时，可采取以下措施进行处理：
立即暂停合同履行：
- 一旦发现公章为假，业主单位应立即暂停与施工单位的所有合同履行行为，包括但不限于停止支付工程款、暂停工程进度等，以防止损失进一步扩大。
收集证据并固定事实：
- 业主单位应迅速收集与合同相关的所有证据，包括合同文本、公章样本、往来函件、支付凭证等，以证明施工单位使用假公章的事实。
- 同时，可以邀请第三方机构对公章的真伪进行鉴定，并出具鉴定报告，作为后续法律程序的证据。
与施工单位协商：
- 在收集到足够证据后，业主单位可以尝试与施工单位进行协商，要求其承认使用假公章的事实，并讨论后续解决方案，如重新签订合同、赔偿损失等。
- 协商过程中，业主单位应保持冷静和理性，避免情绪化行为，同时确保协商结果以书面形式记录下来，并由双方签字确认。
发送律师函或解除合同通知：
- 如果协商无果，业主单位可以委托律师向施工单位发送律师函，明确指出其使用假公章的行为已构成违约，并要求其承担相应的法律责任。
- 在律师函中，业主单位可以提出解除合同的要求，并要求施工单位赔偿因违约行为给业主单位造成的损失。
提起诉讼或申请仲裁：
- 如果施工单位拒绝承认违约事实或拒绝赔偿损失，业主单位可以向人民法院提起诉讼或根据合同中的仲裁条款申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，业主单位应提交充分的证据证明施工单位使用假公章的事实以及因此给业主单位造成的损失，以便法院或仲裁机构作出公正的裁决。
报警处理：
- 使用假公章可能构成伪造公司印章罪等刑事犯罪，业主单位在发现施工单位使用假公章后，也可以向公安机关报案，要求追究施工单位的刑事责任。
- 报警处理不仅可以对施工单位形成威慑，还可以为业主单位在后续的民事诉讼或仲裁中提供有力的支持。
在处理过程中，业主单位还需注意以下几点：
- 保持冷静和理性：避免情绪化行为，确保处理过程的合法性和合理性。
- 及时咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，及时咨询专业律师的意见和建议，以确保业主单位的权益得到充分保障。
- 关注合同条款：仔细审查施工合同中的相关条款，特别是关于违约责任、争议解决方式等条款，以便在处理过程中有据可依。
业主单位在发现施工合同中施工单位公章为假时，应立即采取措施暂停合同履行、收集证据、与施工单位协商、发送律师函或解除合同通知、提起诉讼或申请仲裁以及报警处理等，以确保业主单位的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。