自然人与自然人签订的建筑工程无效合同，在一定条件下是可以追回工程款的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同无效的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，自然人之间签订的建筑工程合同，若违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，该合同将被认定为无效。例如，若自然人未取得相应的建筑施工资质而承接工程，或者合同内容存在其他违法情形，均可能导致合同无效。
二、追回工程款的法律基础
折价补偿原则：
- 即便合同无效，但承包人（即实际进行工程建设的一方）已经完成了部分或全部工程，且发包人（即委托建设的一方）因此受益，根据公平原则和等价有偿原则，发包人应当对承包人进行折价补偿。
- 折价补偿的金额通常参照合同约定的工程价款，但需根据实际完成的工程量、工程质量等因素进行适当调整。
过错责任原则：
- 若合同无效是由于一方或双方的过错导致的，过错方应当承担相应的责任。
- 在建筑工程合同中，若发包人明知承包人无资质而仍与其签订合同，或者承包人故意隐瞒无资质的事实，均可能被视为过错方，需承担一定的责任。
- 在这种情况下，过错方可能需要根据其过错程度，对另一方因合同无效而遭受的损失进行赔偿，这包括但不限于工程款的追回。
三、追回工程款的具体途径
协商解决：
- 双方可以首先尝试通过协商的方式解决纠纷，达成折价补偿的协议。
- 协商解决具有灵活性和高效性，可以避免长时间的诉讼程序。
诉讼解决：
- 若协商无果，承包人可以向人民法院提起诉讼，要求发包人支付工程款或进行折价补偿。
- 在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，对合同无效的原因、责任承担以及工程款的金额等进行审理和判决。
申请仲裁：
- 若双方在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，承包人也可以向仲裁机构申请仲裁。
- 仲裁程序相对诉讼程序更为简便和快捷，且仲裁裁决具有与法院判决同等的法律效力。
四、注意事项
- 证据收集：在追回工程款的过程中，承包人需要收集并保存好与工程建设相关的所有证据，包括但不限于合同文本、工程进度记录、质量验收报告、付款凭证等。这些证据将对于证明承包人的实际投入和发包人的受益情况至关重要。
- 法律程序：无论是协商、诉讼还是仲裁，都需要遵循相应的法律程序。承包人应当了解并遵守这些程序，以确保自己的权益得到有效维护。
- 专业咨询：由于建筑工程合同纠纷涉及的法律问题较为复杂，承包人在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以获取更准确和全面的法律指导。
总结来看，自然人与自然人签订的建筑工程无效合同，在一定条件下是可以追回工程款的。这主要依赖于折价补偿原则和过错责任原则的法律基础，以及通过协商、诉讼或仲裁等具体途径来实现。在处理此类纠纷时，承包人应当注意证据收集、法律程序和专业咨询等方面的问题。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。