用人单位压执业医师证件是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。执业医师证件作为劳动者的专业资格证明，属于“其他证件”的范畴，因此用人单位无权扣押。
实际操作与风险角度
证件使用风险：如果用人单位扣押了执业医师的证件，并可能未经医师同意使用其证件进行医疗活动，这将严重违反医疗法规，并可能给医师带来极大的法律风险。一旦发生医疗事故或纠纷，医师可能因证件被扣押而无法及时证明自己的身份和资格，从而陷入被动。
劳动关系风险：扣押证件还可能影响劳动关系的和谐稳定。劳动者可能会因为证件被扣押而感到不满和焦虑，进而影响其工作积极性和效率。长期下去，甚至可能导致劳动者选择离职，给用人单位带来人才流失的风险。
应对措施与建议
与用人单位协商：如果发现用人单位扣押了自己的执业医师证件，首先可以尝试与用人单位进行协商，要求其归还证件。在协商过程中，可以明确告知用人单位扣押证件的违法性，并强调其可能带来的法律风险和劳动关系风险。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求用人单位归还扣押的证件。
寻求法律援助：在必要时，劳动者还可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，甚至代表劳动者提起诉讼。
总结与提醒：用人单位压执业医师证件是不合法的行为，不仅违反了劳动合同法的规定，还可能给劳动者带来极大的法律风险和劳动关系风险。因此，劳动者在遇到此类情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。