结论是：短信威胁恐吓但时间过了三年，一般情况下可能已经超过了诉讼时效，但存在特殊情况时仍有可能起诉。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的一般规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果权利人在知道或应当知道其权利受到侵害之日起三年内未提起诉讼，那么其权利可能不再受到法律的保护。对于短信威胁恐吓这类侵权行为，如果受害人自知道或应当知道权利被侵害之日起三年内未提起诉讼，那么从法律上讲，其起诉权可能已经丧失。
二、诉讼时效的特殊情况
诉讼时效的中断：
- 如果在诉讼时效期间内，因某些法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效中断，那么诉讼时效期间将重新计算。
- 对于短信威胁恐吓的情况，如果受害人曾在三年内采取过某些法律行动（如向警方报案、与威胁者协商等），且这些行动构成了诉讼时效中断的法定事由，那么诉讼时效可能并未过期。
诉讼时效的延长：
- 在某些特殊情况下，如权利人因客观障碍无法在诉讼时效期间内行使请求权，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
- 但这种情况较为罕见，且需要法院根据具体情况进行裁量。
持续性的侵权行为：
- 如果短信威胁恐吓是持续性的侵权行为，即威胁行为一直持续存在，并未停止，那么诉讼时效可能从侵权行为终止之日起计算。
- 在这种情况下，即使时间已经超过了三年，但只要侵权行为仍在持续，受害人仍有权提起诉讼。
三、法律建议
收集证据：
- 无论诉讼时效是否过期，收集并保存相关证据都是至关重要的。这包括短信记录、通话记录、报警记录等能够证明威胁行为存在的证据。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和事实认定，建议受害人咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
及时采取行动：
- 如果认为自己的权利受到了侵害，且担心诉讼时效问题，建议尽快采取行动，如向警方报案、提起民事诉讼等，以避免因诉讼时效过期而丧失权利。
如果有任何关于侵权损害（人格权）或其他法律领域的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。