员工盗窃客户信息，公司报案后一般情况下不能撤案。这是因为盗窃客户信息若构成犯罪，则属于公诉案件，追责权在国家司法机关，报案后公安机关将依法立案侦查，不因报案人（即公司）的意愿而中断或撤销。以下是对此问题的详细分析：
一、盗窃客户信息案件的性质
盗窃客户信息，若达到一定的数额或情节标准，可能构成《刑法》中的盗窃罪或侵犯公民个人信息罪。这类犯罪行为侵犯了公私财产权益或公民个人信息权益，属于公诉案件范畴。在公诉案件中，人民检察院代表国家向人民法院提起公诉，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
二、撤案的条件与限制
撤案的一般条件：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，撤案通常发生在以下情形：情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；犯罪嫌疑人、被告人死亡；其他法律规定免予追究刑事责任的。
盗窃案件撤案的特殊性：
- 对于盗窃案件，尤其是涉及客户信息等敏感数据的盗窃，一旦立案侦查，通常不会因为报案人（公司）的单方面意愿而撤案。这是因为这类案件不仅关乎公司利益，更可能涉及公共利益和社会秩序。
- 即使公司与员工达成和解或赔偿协议，也不能直接导致案件的撤销。公安机关在侦查过程中，会依据事实和法律进行判断，不会因外部压力或单方面意愿而改变案件走向。
三、公司报案后的法律程序
立案侦查：
- 公司报案后，公安机关会依法进行立案侦查，收集证据，查明事实。
审查起诉：
- 侦查终结后，公安机关会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院会对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。
审判阶段：
- 如果人民检察院提起公诉，案件将进入法院审判阶段。法院会依法进行审理，作出判决。
四、公司的法律建议
积极配合侦查：
- 公司应积极配合公安机关的侦查工作，提供必要的证据和信息。
寻求法律帮助：
- 公司可以寻求专业律师的法律帮助，了解案件进展和法律程序，维护自身合法权益。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，完善信息安全制度，防止类似事件再次发生。
总结来看，员工盗窃客户信息，公司报案后一般情况下不能撤案。公司应积极配合公安机关的侦查工作，并寻求专业律师的法律帮助，以维护自身合法权益。如果有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。