公司认为员工报销的款项有问题时，涉及诉讼时效的规定如下：
诉讼时效的基本规定：
- 员工报销款纠纷通常适用普通诉讼时效，时长为三年。这一时效期间从员工知道或者应当知道自己的权利被侵害时开始计算。例如，当员工按照公司规定完成报销流程后，公司却一直未支付报销款，此时员工便已知晓自己的权利被侵害，诉讼时效即开始起算。
诉讼时效的中断与重新计算：
- 在诉讼时效期间内，员工应及时主张自己的权利，以避免时效过期。员工可以通过与公司协商、发送催款函等方式来中断诉讼时效。一旦诉讼时效被中断，它将重新计算。这意味着，如果员工在时效期间内采取了积极措施，其权利保护期限将得到延长。
超过诉讼时效的后果：
- 如果员工超过了诉讼时效期间才主张权利，且公司以诉讼时效为由进行抗辩，那么员工可能面临败诉的风险。因为根据法律规定，超过诉讼时效的请求，法院可能不予支持。然而，如果公司自愿支付报销款，那么就不受诉讼时效的限制。
针对公司的特别说明：
- 对于公司而言，如果认为员工报销的款项存在问题，也应在诉讼时效期间内提出异议或采取法律措施。否则，一旦超过时效，公司可能失去通过法律途径解决争议的机会。
法律建议：
- 对于员工而言，应密切关注报销款的支付情况，及时与公司沟通并主张自己的权利。如果发现公司存在拖欠或拒付报销款的情况，应尽快采取法律措施，如发送催款函或提起诉讼，以避免超过诉讼时效。
- 对于公司而言，应建立健全的报销管理制度，确保报销流程的透明和公正。如果认为员工报销的款项存在问题，应及时进行调查和核实，并在诉讼时效期间内提出异议或采取法律措施。
举例说明：
假设某员工在完成报销流程后，公司一直未支付报销款。员工在知晓权利被侵害后，未及时主张权利。三年诉讼时效快过的时候，员工才想起此事并提起诉讼。此时，如果公司提出诉讼时效抗辩，且法院认定诉讼时效已过期，那么员工可能面临败诉的风险。因此，及时主张权利对于保护自身合法权益至关重要。
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